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實時觀察DNA的修復!

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難以被看見的損傷

我們細胞中的DNA,無時無刻都在遭受來自陽光、化學物質、輻射,以及維持生命活動的各種生物過程的損傷,這些損傷會威脅基因組的完整性和正常功能。通常,細胞能快速且高效地修復這些損傷,但當修復能力下降時,后果就可能十分嚴重,甚至能導致衰老、癌癥,以及多種疾病。因此,理解細胞應對DNA損傷的分子機制,對于開發新的治療方法至關重要。

然而,長期以來,由于缺乏能夠在不干擾細胞行為的情況下,客觀呈現DNA損傷動態的探針工具,科學家一直難以在“活細胞”甚至是“活體動物”中,實時觀測DNA的損傷與修復。目前的大多數研究方法,都涉及到在不同時間點殺死并固定細胞,進而只能獲得修復過程的一些“靜態快照”。

如今,一種全新的工具徹底改變了這種局面。

在一項新發表于《自然·通訊》雜志的研究中,一個研究團隊發展了一種新型的熒光傳感器——能讓科學家在“打擾細胞的情況下”,實時觀察活細胞內DNA的損傷與修復過程。這一成果為過去無法開展的實驗打開了大門,也為癌癥研究、藥物安全測試以及衰老生物學帶來了重大推動。

照亮DNA損傷的傳感器

現有的研究工具,如抗體或納米抗體,往往會與DNA緊密結合,而一旦結合得過于緊密,就可能干擾細胞自身的修復機制。

新的傳感器則不同,它是一種全新的蛋白質探針——由細胞本來就在使用的天然白質片段構建而成。它能自行地來到DNA損傷處,又自行離開,使得科學家觀察到的是細胞的真實行為。

熒光傳感器在活細胞中的工作情況,當傳感器與DNA損傷位點結合時,就會出現明亮的綠色光點。(視頻/Aschwin Tenfelde via YouTube)

具體而言,這種傳感器的工作原理是:它在從細胞自身蛋白質中借來的一個小結構域上,附著一個熒光標簽,這個結構域會短暫地與受損DNA上出現的特定標記γH2AX相結合。這種相互作用是溫和且可逆的,它能夠在不阻礙細胞正常的修復過程的情況下照亮受損位置。

與過去的研究方法相比,這種差異十分顯著。研究人員不再需要做十個獨立實驗來捕捉十個時間點,而是可以在一段連續的“影片”中觀察整個修復過程。他們能夠看到損傷何時出現、修復蛋白質能多快速地趕來,以及細胞最終何時解決問題。這意味著,研究人員能獲得更多數據、更高的分辨率,并且更真實地看到活細胞內部實際發生的情況。

此外,研究團隊還進一步在一種廣泛用于生物學研究的模式動物——秀麗隱桿線蟲

C. elegans
)中測試了這種傳感器。研究結果表明,這種傳感器在秀麗隱桿線蟲中同樣表現出色,并且揭示了其發育過程中出現的程序化DNA斷裂——這是一個關鍵節點,這表明這個工具不僅適用于實驗室細胞,也能用于真正的活體生物

向所有研究者開放

研究人員還表示,這種工具的用途已遠不止觀察修復過程,還可以與其他分子模塊自由搭配,用于繪制DNA損傷在基因組中的分布圖,也能找出哪些蛋白質會聚集在損傷處。他們甚至可以將受損DNA移動到細胞核內的不同區域,探究哪些因素會影響修復。

雖然這種傳感器本身并非一種醫學治療手段,但它可能影響醫學研究。例如,許多癌癥療法是通過有意破壞腫瘤細胞的DNA來發揮效果的。在藥物研發早期,科學家必須準確測量一種化合物會造成多少DNA損傷。目前,臨床研究人員通常使用抗體來做這些評估,而這種新工具能讓癌癥療法的測試變得更便宜、更快速、更精確。研究人員還設想了許多可能的臨床應用,從研究自然衰老過程,到檢測輻射或誘變物暴露。

這項工具已經引起了廣泛關注。甚至在論文發表前,就已經有其他實驗室在聯系他們,希望在自己的DNA修復研究中使用這種傳感器。為了支持研究,作者團隊已經將所有信息在網上開放,供科學家們立即使用。

#參考來源:

https://www.uu.nl/en/news/new-sensor-lets-researchers-watch-dna-repair-in-real-time

https://www.nature.com/articles/s41467-025-65706-y

#圖片來源:

封面圖&首圖:FotoRichter / Pixabay

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