公元643年，李世民痛哭流涕地說：“你本有安邦定國之功，朕實在不想定你的罪！然眾臣群諫，此罪天地不容，朕也沒辦法啊！”侯君集當即跪下，對李世民說：“罪臣死不足惜，但有一事請陛下成全！”
李世民經歷玄武門之變后，封了五個一等公功臣，分別是長孫無忌，杜如晦，房玄齡，尉遲敬德，以及侯君集。
但值得一品的是，其他四個人都有詳細的功勞記載，每個人都有拿的出讓人信服的東西，唯獨史書對侯君集這一趴記載不詳，只是在《新唐書》上隱約提了一嘴：預誅隱太子尤力。
就是一筆帶過他功勞很大，但大到什么程度，干了什么只有當事人知道了。

侯君集是陜西旬邑人，《舊唐書》里說他"性矯飾，好矜夸"，翻譯成現代話就是愛顯擺、會裝。
這種性格有利有弊，得看碰見一個什么樣的領導，再一個有沒有一個適合他的機會。遇到李世民也是他的造化，可惜他不止一次想要謀反，最后葬送了自己。
司馬光在《資治通鑒》里說他"性矯飾，好矜夸，玩弓矢而不能成其藝，乃以武勇自稱"，司馬光言外之意就是說他沒什么本事，都是自吹自擂出來的。因為他小時候想要學箭法，怎么學也學不會，就干脆不學了，然后對外說自己勇武。
但現代史學家黃永年先生有不同的看法，他在《唐代政治史述論稿》里說："侯君集之才，實為唐初諸將中之佼佼者。"認為他的軍事才能確實很突出。
從李世民對他的態度上來看，侯君集應該是有點本領在，只是可惜沒有完全被記載下來。玄武門之變侯君集立了大功，這一仗打完，他就成了李世民的心腹。
李世民當上皇帝后，侯君集的仕途就跟開了掛似的。從一個小小的左衛將軍，一路升到兵部尚書，最后還當上了宰相。
這期間他確實也干了不少實事，特別是在軍事方面。比如平定吐谷渾的時候，他帶著大軍翻越祁連山，在高原上跟敵人周旋，最后大獲全勝。這一仗打得漂亮，連李世民都夸他"智勇兼備"。

但人一得意就容易忘形。侯君集當上宰相后，開始有點飄了。他覺得自己功勞這么大，應該得到更多。特別是看到房玄齡、杜如晦這些人比他受寵，心里就更不平衡了。
貞觀十三年（639年），高昌王斷了西域和中原的商業往來，李世民不高興，就讓高昌王面見解釋一下原因，誰知高昌王稱病不來。這明顯的挑釁且心懷鬼胎，李世民就派侯君集去攻打高昌國。
高昌王根本沒當回事，他認為唐朝距離高昌有七千多里，中間還有2000里沙漠，不出二十天，侯君集就會因為糧草不夠出問題，到時候高昌可趁機一舉擊敗。
他想得美，可等侯君集到的時候，他卻死了。有人勸說侯君集趁高昌國內奔喪，咱們搞偷襲。
侯君集拒絕了，并讓人一路敲鑼打鼓的弄聲勢，他覺得偷襲不是問罪之師，想要堂堂正正的打這個仗。高昌新王拒絕投降，侯君集軟硬兼施用過后，就地開始制作木工機械設備，向城里投石。
這一仗他打得相當漂亮，幾個回合，就把高昌逼得窮途末路，他收繳了大量戰利品。
本來挺好的事，回去等著論功行賞就是了，結果他這會起了貪心。他匿了高昌的金銀珠寶不說，還沒等跟李世民匯報就私自把無罪的人流放了，這是要造反的節奏，放現代叫越權，放古代也該殺頭了。
士兵們一看老大都開始撈錢，他們還矜持個啥，都開始撈，侯君集自己不干凈根本不敢管。這事一來二去的就傳到了皇帝耳朵里，侯君集就被抓起來了。
有大臣說這時候對功臣問罪，會寒了將士的心，李世民也就給他放了出來。
侯君集反而因此記恨李世民，覺得我拿命換的戰功，拿你點錢咋了。
后來，張亮和侯君集聊天，侯君集依舊抱怨自己明明有功勞回去還要被關，這不就是皇帝排擠自己么？他越想越氣，覺得老皇帝霸凌自己，這實在不能忍，拍著張亮大腿怒喝道：你造反不？你要是造反你記得告訴我一聲，我跟你一起。
張亮一聽，這扯啥呢。我跟你聊閑天，你跟我往死路上走啊。

張亮就告訴李世民了。李世民對侯君集相當寬容，他沒怪罪侯君集，反而對張亮說：你倆的私房話，點到為止就得了。他對你說也是信任你。再說，也沒有證人，他不承認，誰能證明。

此事作罷，又發生了李靖的事。侯君集非要和李靖學兵法，李靖教完，他就給李靖舉報了。他說李靖有所保留肯定是要造反。李世民很生氣，把李靖叫過來問話。
李靖很誠懇，他說：我教他的東西夠他現在用了。可他不知足，非要學全部，若不是他要造反，實在解釋不通，他為何要這樣。
事實證明，李靖說對了。
太子李承乾總擔心自己的太子之位不保，侯君集的女婿又在他門下效力，因此李承乾就和侯君集聯系上了，倆人嘁嘁喳喳的密謀造反。
太子糊涂，侯君集也不聰明，事情敗露，李世民氣得要命。據《資治通鑒》記載，李世民在審問侯君集時還哭了，說："吾不欲令刀筆吏辱公，故自鞫驗耳。"意思是我不想讓那些小官審你，所以親自來審。可見李世民對他還是有感情的。
臨死前，他還請求李世民饒了他老婆孩子。李世民還算念舊情，只殺了他一個人，家人沒受牽連。后來在凌煙閣二十四功臣里，侯君集還是榜上有名，只不過排名比較靠后。