康熙、雍正兩朝，是清代國力上升的時期，清廷對西北回民的基本態度，是“一視同仁”。康熙年間，北京曾有官員誣告牛街回民夜聚明散、圖謀造反，主張全城屠滅，康熙微服私訪查明實情后，不僅嚴懲了誣告官員，還下旨曉諭各省：不許借小事誣告回民謀反，違者先斬后奏。這道圣旨后來被回民刻在牛街禮拜寺的石碑上，成了清代前期民族政策相對寬松的佐證。

雍正二年，山東巡撫陳世倌上奏，痛陳回民“不敬天地、不祀神祇、另立宗主”，要求拆毀各地禮拜寺，強迫回民出教，不許回民出仕做官。雍正帝看完奏折后批復，認為回教由來已久，雖然不足取，但強行禁革只會徒生紛擾，批評陳世倌行事操切。

雍正七年，陜西總督岳鐘琪也上奏表示，回民結黨好斗、風俗特異，令人疑慮，雍正帝同樣下諭內閣強調，回民都是朝廷編氓、國家赤子，地方官要像治理普通百姓一樣治理回民，不能另眼相看。

但皇帝的公開表態，并沒有真正消解朝野的偏見。地方官處理回漢糾紛時，普遍存在偏袒漢民、壓制回民的傾向；各級官員的奏折里，也反復出現“回民強悍”“回民結黨為匪”的表述。更關鍵的變化發生在法律層面：針對回民的專門律例，正在悄然增加。

乾隆二十七年，山東按察使閔鶚元上奏稱，回民獷悍成習，結伙盜竊的情況太多，按普通律例處罰不足以震懾，建議今后回民結伙三人以上、攜帶兇器行竊的，不論贓數多少、次數多少，全部發配云貴兩廣極邊煙瘴之地充軍，窩贓、分贓的一并治罪。乾隆帝直接批復“從之”，這條內容就此寫進了《大清律例》。

乾隆三十八年，刑部又議準甘肅按察使圖桑阿的奏請，規定回民結伙三人以上搶奪的，不分首從全部發黑龍江給兵丁為奴，逃跑就直接正法。哪怕不到三人，只要有持械逞強情節，也發極邊煙瘴充軍。對比普通百姓的搶奪律，回民的量刑明顯重了一個等級。

明清之際，伊斯蘭蘇非主義從中亞、西亞傳入中國西北，和本土社會結合后，形成了一套被稱為“門宦”的宗教組織制度。康熙到乾隆初年，虎夫耶、嘎得仁耶、庫布仁耶、哲赫仁耶四大門宦相繼創立，每個門宦都有自己的教主、道統和教區，教權高度集中。對清廷來說，這種跨地域、有組織的宗教體系，本質上是對基層管控權的挑戰。但乾隆前期，朝廷還沒意識到其中的風險，只把教派之爭當成民間糾紛。

乾隆十二年，河州回民馬來遲創立的花寺門宦，和傳統格迪目教派因為“前開齋”“后開齋”的儀式差異鬧到官府，地方官審理后，判定兩派各遵祖教，互不干涉，草草了結了中國伊斯蘭教史上第一場官方介入的教爭。沒人想到，三十多年后，同樣的教派沖突，會演變成一場震驚全國的反清起義，徹底扭轉清代治回政策的走向。

乾隆二十六年，河州人馬明心從也門求學歸來，傳入了另一支蘇非教派哲赫仁耶。他主張教權傳賢不傳子，少收布施、周濟窮人，宗教儀式上高聲念經、搖頭禮拜，因此被稱為“新教”。新教教義簡單、門檻低，很快吸引了大批底層信眾，和馬來遲創立的“老教”花寺門宦形成了正面競爭。

兩派在循化撒拉族地區的沖突尤為激烈，從互相控訴到聚眾械斗，愈演愈烈。乾隆四十六年正月，新教首領蘇四十三、韓二個率眾擊殺老教教長韓三十八，老教家屬赴蘭州告狀。陜甘總督勒爾謹派蘭州知府楊士璣、河州副將新柱帶兵前往查辦，新柱到任后公開揚言，要為老教做主、洗清新教。蘇四十三得知后，索性率眾突襲衙門，殺死新柱、楊士璣等人，順勢攻下河州城，起義就此爆發。

隨后蘇四十三率眾三千直撲蘭州，要求官府釋放被扣押的馬明心。甘肅布政使王廷贊一邊據城死守，一邊下令處死馬明心。清廷急調阿桂、和珅率大軍赴甘鎮壓，經過四個月苦戰，起義軍退守華林山，最終全軍覆沒，蘇四十三戰死。

這場由教派沖突引發的起義，徹底激怒了乾隆帝。在他看來，新教就是“邪教”，是煽動回民作亂的根源，因此下旨徹底鏟除新教，永絕后患。

起義首領馬明心、蘇四十三等人雖已戰死，仍被挫骨揚灰。阿桂率軍分赴循化、河州、安定官川等地搜捕新教余黨，凡是信新教的，無論是否參與起義，一概正法，家屬全部發遣。撒拉族十二工里，九工的新教信眾幾乎被屠戮殆盡，九百多戶人家殲除殆盡。搜捕范圍甚至擴大到陜西臨潼、山西蒲州等地，只要是馬明心的教下，全部押解回蘭州正法，前后被殺、發遣的無辜回民不下八百人。

清廷明確扶持老教、禁絕新教，下令拆毀所有新教清真寺，革除總掌教、掌教、阿洪等宗教名目，改由官府挑選老成回民充當鄉約，負責稽查教民、約束行為。循化地區的掌教直接改成總練，阿洪改成鄉約，全部由官方任免。同時推行保甲制度，回民聚居區十戶為牌、十牌為甲、十甲為保，設牌頭、甲長、保正，和掌教互相監督，一年沒有事端就給獎勵，出了問題一并連坐。

蘇四十三事件后，各地奉旨嚴查邪教書籍，乾隆四十六年，西安回民馬中杰等人在山西靈石被盤查，只因書信里有“掌教”二字，就被當成邪教余黨，層層審辦，最后乾隆帝自己都覺得辦得太過分，才草草結案。

田五起義的爆發，在清廷看來，是蘇四十三后的善后還不夠嚴、不夠徹底。因此這次的善后措施，比三年前更進了一步。

起義剛平定，清廷就下令在甘肅各地添兵設汛，查抄了鹽茶、靜寧、隆德等十五個廳州縣的回民財產，共計五萬一千四百多畝田地、三千八百多間房屋、六百多處土窯全部充公，拆毀禮拜寺七十三座。大量回民失去土地與財產，徹底淪為赤貧。