在十三世紀時，隨著第一次蒙古西征的結束，成吉思汗后裔在中亞建立察合臺汗國，這個汗國以成吉思汗的次子察合臺命名，屬于蒙古四大汗國之一。

在成吉思汗后裔建立的四大汗國中，察合臺汗國與金帳汗國一樣，都擁有漫長的歷史，但是由于身處四戰(zhàn)之地，察合臺汗國曾歷經多場混戰(zhàn)，這個汗國曾經歷蒙古貴族的內戰(zhàn)，還曾遭受過中亞之王帖木兒的打擊，但是直到十七世紀時，東察合臺汗國仍由察合臺家族統(tǒng)治

公元1225年，結束第一次蒙古西征的成吉思汗分封諸子，他的次子察合臺，得到西遼與阿姆河以東的土地。

成吉思汗去世后，察合臺力挺窩闊臺繼承汗位，至此之后，察合臺便返回封地生活，他受到大汗窩闊臺的優(yōu)待，并且被尊稱為皇兄。

在察合臺統(tǒng)治時期，恪守蒙古傳統(tǒng)的他，則率領部族游牧于封地東部的草原，河中地區(qū)的諸多城鎮(zhèn)，被委托給當?shù)乜偠焦芾?，察合臺很少前往城鎮(zhèn)生活。

公元1242年，察合臺在草原上病逝，其孫哈剌旭烈繼承封地，但是由于當時的哈剌旭烈年齡太小，因此由其母負責管理封地事務。

公元1246年，窩闊臺之子貴由成為大汗，當時的貴由，與察合臺的第五個兒子也速蒙哥關系親密，他下令廢除哈剌旭烈，并且扶持也速蒙哥管理察合臺汗國。

貴由去世后，也速蒙哥與窩闊臺家族一起，反對蒙哥繼承汗位，當蒙哥成為大汗后，也速蒙哥被處決，哈剌旭烈的兒子木八剌沙成為汗國統(tǒng)治者。

公元1259年，隨著大汗蒙哥的去世，忽必烈開始與阿里不哥爭奪汗位，而位于中亞的察合臺汗國，則成為兩人的拉攏對象，忽必烈和阿里不哥先后派人前往察合臺汗國爭奪汗位。

公元1260年，阿里不哥派出的阿魯忽奪取汗位，此人是察合臺的孫子，父親是曾參加西征的拜答兒。

阿魯忽成為可汗后，便立即選擇支持忽必烈，并且得到了忽必烈的冊封，此事導致阿里不哥率軍攻打察合臺汗國，雙方軍隊互有勝負。

公元1265年，阿魯忽去世，此時的忽必烈已經擊敗阿里不哥，忽必烈冊封八剌為察合臺汗，并且希望八剌能夠牽制窩闊臺汗國的海都。

而八剌抵達中亞后，便開始反抗忽必烈，他趕走忽必烈派來的大臣，并且和窩闊臺汗國爆發(fā)多次沖突。

公元1267年，八剌在金帳汗忙哥帖木兒的勸說下，與海都握手言和，雙方不久后在塔拉斯河組成聯(lián)盟，決定共同對抗拖雷家族的忽必烈。

公元1270年，八剌率軍攻打伊爾汗國，結果被伊爾汗國的阿八哈擊敗，八剌在此戰(zhàn)中墜馬受傷，不久后便傷重去世。

公元1274年，海都將八剌的兒子都哇扶上汗位，在都哇統(tǒng)治時期，海都在察合臺汗國有很大的影響力，在那段時間，都哇跟隨海都不斷與元朝作戰(zhàn)，并且發(fā)動了對伊爾汗國和印度德里蘇丹國的戰(zhàn)爭，但是都沒有取得太大進展。

公元1301年，都哇跟隨海都參加帖堅古山之戰(zhàn)，結果再次被元朝軍隊擊敗，海都在撤退時因傷重去世。

公元1303年，都哇決定向元朝效忠，并且在元朝軍隊的幫助下攻打窩闊臺汗國，海都之子察八兒最終向元朝投降，窩闊臺汗國的土地也被瓜分。

此時的察合臺汗國，已經在兩次蒙古貴族的內戰(zhàn)中元氣大傷，都哇向元朝效忠后，便打算通過遠征印度來掠奪財富，可是卻兩次被德里蘇丹國擊敗。

公元1306年，都哇因病去世，其后裔爆發(fā)了短暫的混戰(zhàn)，在那段時期，察合臺汗國還吞并了窩闊臺汗國的大部分土地。

公元1310年，都哇的兒子也先不花繼承汗位，也先不花起初繼續(xù)與元朝保持良好關系，但是后來因為邊境問題，也先不花與元朝和伊爾汗國爆發(fā)沖突，結果遭到元朝和伊爾汗國的夾擊，并且失去了部分土地。

公元1320年，也先不花的弟弟怯別成為察合臺汗，在怯別統(tǒng)治時期，他開始恢復與元朝的關系，并且將汗國的權力中心轉移至西部的河中地區(qū)。

而怯別的這個行為，則加速了察合臺汗國的分裂，進入河中地區(qū)的蒙古貴族，開始在當?shù)氐某擎?zhèn)中定居，并且與汗國東部的游牧民漸行漸遠。

公元1326年，隨著怯別的去世，察合臺汗國再次陷入混亂，貴族們?yōu)榱藸帄Z汗位大打出手，在此后的二十年時間里，居然先后出現(xiàn)了九位可汗。

公元1346年，察合臺汗國開始分裂，生活在河中地區(qū)的蒙古貴族，已經被當?shù)厝送?，他們以撒馬爾罕為國都，被稱呼為西察合臺汗國。

而生活在汗國東部的蒙古貴族，仍然保持著游牧民族的生活方式，他們以阿力麻里為中心，被稱呼為東察合臺汗國。

察合臺汗國分裂后，兩個汗國便開始相互敵視，并且經常爆發(fā)沖突。

公元1360年，東察合臺汗國的可汗禿忽魯帖木兒，趁西察合臺汗國陷入內亂時，率領大軍占領河中地區(qū)。

而禿忽魯帖木兒的此次出兵，則喚醒了另一位戰(zhàn)爭狂人的野心，當時只有二十六歲的帖木兒，決定投靠東察合臺汗國，他被禿忽魯帖木兒冊封為渴石總督，并且在禿忽魯帖木兒離開后，幫助其子也里牙思火者管理河中地區(qū)。

不久之后，由于也里牙思火者在城鎮(zhèn)中四處搜尋少女，得知消息的帖木兒決定反抗東察合臺汗國，結果失敗后被逐出河中地區(qū)。

公元1363年，禿忽魯帖木兒去世，東察合臺汗國陷入內亂，逃亡至阿富汗的帖木兒，率領軍隊返回家鄉(xiāng)，并且將東察合臺汗國的勢力趕出河中地區(qū)。

當帖木兒崛起后，曾六次對東察合臺汗國發(fā)動遠征，使東察合臺汗國的軍隊損失慘重，無數(shù)城市也被摧毀。

公元1391年，黑的兒火者成為東察合臺汗國的可汗，為了對抗強大的帖木兒帝國，黑的兒火者多次向明朝派出使臣，但是迫于帖木兒帝國的強大勢力，黑的兒火者最終選擇與帖木兒緩和關系，并且在帖木兒東征時為其準備糧餉。

帖木兒去世后，東察合臺汗國開始收復之前被帖木兒占領的土地。

公元1428年，歪思汗在與帖木兒帝國的戰(zhàn)爭中陣亡，東察合臺汗國陷入分裂，歪思汗的兒子也先不花繼承汗位，他的另一個兒子羽奴思汗則投靠帖木兒帝國。

公元1472年，羽奴思汗成為東察合臺汗國的可汗，并且率領占領帖木兒帝國的部分土地，但是由于羽奴思汗號召游牧民進入城鎮(zhèn)生活，導致一些部族擁立其子阿黑麻為汗，羽奴思汗則帶著另一個兒子馬哈木，統(tǒng)治著塔什干周邊的土地。

公元1501年，隨著昔班尼的崛起，羽奴思汗的兩個兒子被擊敗，東察合臺汗國的勢力被逐出河中地區(qū)，而羽奴思汗的孫子賽依德汗，則在1514年建立葉爾羌汗國，這個汗國到十七世紀末期仍然存在，直至1680年才被準噶爾汗國滅亡。