土木堡事變，如同一顆核彈，引發了北京的驚天巨變。皇帝被俘，國不可一日無君，所以在孫太后的主持下，英宗的異母弟弟朱祁鈺先是被選為監國，隨后在9月初登基，年號景泰。一向號稱知兵習戰的于謙升任兵部尚書，主持京城的防務。

十月，也先挾持著明英宗率領大軍圍攻北京，但并沒有獲得之前一樣的大勝，最后只能攜帶大批搶劫勒索來的財物撤軍。其中的原因，固然因為于謙能力卓越，在1個多月的時間內完成了重組軍隊，提升士氣的重大任務。但另一方面，也先原本起兵的目的也不包括攻陷北京，所以瓦剌軍隊既沒有準備攻城器械，也無法發揮自己的騎兵優勢；反過來，守城，對于不善野戰，但擁有各類火器的明軍來說，是揚長避短。戰事既然大體結束，那么議和就變成了順理成章的事情。再加上景泰皇帝繼位，明英宗這個人質籌碼的價值也迅速貶值。于是，1450年8月15日，在被俘一年后，明英宗獲釋，回到了京師。按說，兄弟相見，應該一片團圓祥和。然而卻是劍拔弩張。一回到北京，身份變成了太上皇的英宗就被送到了南宮，一座東華門外的宮殿。在這里，他被幽禁了近七年。朱祁鈺幾乎掐斷了英宗一切對外聯系，連日常飲食都必須從一個小窗遞進去。宗室和大臣屢次要求朝拜太上皇，景泰帝一概不準。英宗回想起自己在瓦剌軍中做俘虜時，朱祁鈺在和自己的通信中一口一個“大兄”（尊敬的長兄），答應自己回來后，皇帝寶座的歸屬問題“必然另有籌畫”，肯定是恨得牙癢癢。

在古代中國帝制的政治結構中，權力的誘惑可以消滅一切感情與道德顧慮。如果說在議和前，朱祁鈺拒絕與瓦剌討論英宗的獲釋問題，是為了保衛江山社稷，拒絕被勒索訛詐，那么接下來，他的舉動，就是出于嘗到權力滋味后，拒絕放手的私欲。例如，朱祁鈺居然悍然撕毀了當上監國時的承諾，把太子人選，從英宗之子朱見深，變成了自己的兒子朱見濟。這個舉動向整個朝野發布了準確無誤的信息：不僅皇帝之位不會還給英宗，自此還只能在朱祁鈺自己的血脈中傳承。這無疑激化了明英宗的恨意，也造成了朝廷的進一步分裂。然而，人算不如天算，景泰四年，也就是1453年十一月，年僅十歲的皇太子朱見濟夭折。隨后，朱祁鈺自己，也身患重病，無法正常履行職責，處理政務。大明王朝再次面臨權力真空，無法運轉的危機。常人眼里的危機，正是少數人眼里的機會。眼看朱祁鈺病情加深，一個旨在擁護太上皇復辟的小集團迅速形成了，為首者是在京城保衛戰中嶄露頭角的名將石亨，以及太監曹吉祥，左都御史楊善等人。最終，在1457年，也就是景泰八年正月十六日，一場被稱為“奪門之變”的政變發動了，石亨集團糾集兵力，從南宮中救出了明英宗，然后通過東華門回到了皇城。

正月十七一早，當上朝的百官赫然發現坐在皇位上的竟是太上皇時，驚慌疑惑之余，只能承認既成事實，三呼萬歲。奪門之變之所以能成功，表面上看是石亨復辟集團孤注一擲，不惜冒險，但更本質的原因還是太子朱見濟之死及景泰帝朱祁鈺的重病。無論是石亨這些野心家，還是更廣大的朝臣，所有人心里都明白，經歷了這一死一病，皇位大概率會回到英宗一系，所以對于英宗復辟，大部分的朝臣其實是出于利益而選擇了默許，早參與早受益，不參與則有政治清算之危。

英宗復辟后，改元天順，隨即展開了大規模政治清算。奪門之變當天，病中的朱祁鈺即遭軟禁，朱祁鎮削去了他的帝號，廢為郕王。一個月后，朱祁鈺便稀里糊涂地宣告病死，很多歷史研究者相信，這是一次政治謀殺。當然，最令人痛心的，自然是對京城保衛戰第一功臣于謙的處置。可以說，復辟集團給他安上的某法罪名都是莫須有。

對這種情況，于謙心中早有定數，所以在審訊中也大義凜然，從容不迫。比如，被誣陷為于謙同黨的御史王文，還在大叫冤屈，而于謙就對他說：石亨這些人的意思已經很明白，再爭辯，也是徒勞無功。說白了，于謙也明白，在皇帝個人利益和整個國家與制度利益難以切割的情況下，自己當時臨危受命時的各種舉措，比如勸告朱祁鈺繼位安定人心，拒絕瓦剌用英宗作為人質勒索朝廷，乃至對太子人選的變更公開發表意見，雖然都是出于穩固江山社稷的目的，但卻損害妨礙了明英宗的個人意愿與利益。從這個角度看，自己的罪名是無法辯白的。在定罪奏章送到明英宗面前的時候，明英宗內心還躊躇了一下，然而復辟集團的核心人物，徐有貞卻說了一句話：不殺于謙，則奪門之變和英宗復位，都師出無名，沒有合理性。于是英宗最終同意了這份裁決，只是把凌遲改為斬首，顯示了一下自己的寬仁。

于謙就義后，他的女婿，錦衣衛千戶朱驥冒險帶著岳父的遺骸，歸葬在杭州故里，西湖邊的三臺山。雖然當時英宗將于謙定為罪臣，在上諭中居然說他“窮兇極惡”，但民間也并非人人買賬，出現了很多暗中的悼念之舉。由于杭州西湖也是另一位忠臣，岳飛墓的所在地，兩人又都當過“少保”的官職，所以此后，民間多把兩人相提并論，比如明末愛國志士黃周星，就寫過一首《西湖竹枝詞》，說：“岳少保同于少保，南高峰對北高峰。”，這是一種多么高的贊譽。