山海關(guān)大戰(zhàn)之前，李自成的大順軍所向披靡，摧枯拉朽，幾乎戰(zhàn)無不勝。可是自從山海關(guān)戰(zhàn)敗以后，李自成幾乎就沒贏過。

退出北京后，吳三桂和清軍緊追不舍，李自成恨死吳三桂了。在河北真定，李自成調(diào)集大隊(duì)人馬要和吳三桂決一死戰(zhàn)。在兩軍陣前，李自成對(duì)吳三桂說，你要是有種，就和我兵對(duì)兵將對(duì)將的干一仗，不要讓清軍幫忙。結(jié)果吳三桂根本不予理睬，照樣率軍沖殺，清軍則緊隨其后，雙方大戰(zhàn)了一整天不分勝負(fù)。到了傍晚時(shí)分，忽然東風(fēng)大起，漫天黃沙，大順軍的軍旗都被吹斷了，李自成覺得這不是個(gè)好兆頭，擔(dān)心又打不過吳三桂和清軍，于是急忙下令收兵撤軍，就在這時(shí)，飛來一只流使擊中了李自成的肩膀，一旁的護(hù)衛(wèi)將士急忙上前救起李自成，倉(cāng)皇逃離了戰(zhàn)場(chǎng)。

看來李自成是被打怕了，氣勢(shì)上已經(jīng)不行了。真定失敗后，大順軍退入山西，清軍人困馬乏，回師京城休整。和大順軍截然相反的是，清軍進(jìn)京后就張貼告示，只要?dú)w順大清，即刻官?gòu)?fù)原職，既往不咎，所有被大順軍奪去的財(cái)產(chǎn)一律物歸原主。一時(shí)間，京城的明朝官紳地主無不彈冠相慶，紛紛表示擁護(hù)。

這些官紳，對(duì)大順的敲詐行為極為不滿。現(xiàn)在大順軍撤了，他們開始秋后算賬，北方原本都已經(jīng)投降大順政權(quán)的地方政府紛紛倒戈，很快河南、山東包括山西很多地方都投降了。

清朝在北方站穩(wěn)腳跟后，清軍兵分兩路南下，一路由英親王阿濟(jì)格、平西王吳三桂和智順王尚可喜等人率領(lǐng)，從山西進(jìn)入陜北，另一路由御親王多鐸、恭順王孔有德和懷順王耿仲明等統(tǒng)帥直奔東南，準(zhǔn)備一舉摧毀西安的大順政權(quán)與南京的弘光政權(quán)。

就在清朝調(diào)兵遣將之際，駐守在山西平陽(yáng)和河南西部的大順軍向河南懷慶地區(qū)發(fā)起了反攻，連克數(shù)城，擊斃清軍提督金玉河。消息傳回北京，多爾袞大為震驚，于是下令多鐸由南下改為西進(jìn)，先回救懷慶，攻取潼關(guān)，協(xié)同阿濟(jì)格南北夾攻西安。

多鐸大軍沒有南下，使得南明弘光朝廷暫時(shí)得以茍延殘喘。當(dāng)清朝集中力量進(jìn)攻陜西的時(shí)候，南明軍臣卻按兵不動(dòng)，欣賞著清軍幫自己討平流寇，失去了向清軍兵力薄弱的山東、河南等地區(qū)進(jìn)取的良機(jī)，使清軍贏得了將他們各個(gè)擊破的機(jī)會(huì)。

多鐸大軍從河南向西迫進(jìn)潼關(guān)，而阿濟(jì)格的大軍從山西渡過黃河，逼近陜北。李自成被南北兩路夾擊，首尾難顧。如果增援陜北，潼關(guān)必然失守。一旦潼關(guān)失守，西安大本營(yíng)肯定是保不住的。要是增援潼關(guān)，陜北就會(huì)淪陷，結(jié)果還是西安失守。想來想去，沒有辦法，李自成只好率領(lǐng)主力直接退回到了西安。

此時(shí)的潼關(guān)守將叫馬世耀，他率領(lǐng)7000人馬守著潼關(guān)，他知道潼關(guān)無論如何是守不住的，于是這個(gè)馬世耀心生一計(jì)，向清軍詐降，并且派人送信給李自成，約他一起內(nèi)外夾擊，一舉消滅多鐸。可是這幫人保密工作做得不行，事情泄露，多鐸得知后，不動(dòng)聲色來了個(gè)將計(jì)就計(jì)。他假稱要在潼關(guān)西南十里外的金盆坡舉行宴會(huì)，將馬世耀所部兵馬的武器全部解除，然后一聲令下，伏兵4起，結(jié)果馬世耀的七千多名大順軍被全部屠殺。

退回西安后，李自成心里還是不踏實(shí)，他已經(jīng)沒有了當(dāng)年的自信，覺得西安肯定是守不住了，于是在西安就待了一天，就棄城而逃，率軍向南進(jìn)入他熟悉的商洛地區(qū)，然后取道河南。就這樣，多鐸大軍進(jìn)入關(guān)中，兵不血刃占領(lǐng)西安。

李自成撤離西安前，要求手下田建秀將帶不走的糧草全部燒掉，以免落入清軍之手，結(jié)果田建秀并沒有照辦，因?yàn)樗X得關(guān)中百姓已經(jīng)夠苦了，于是他這些僅有的糧食燒掉，百姓還怎么活呢，于是他只是象征性的在城里點(diǎn)了幾堆火就回去復(fù)命了。李自成見城里冒煙，就認(rèn)為糧草已經(jīng)被焚毀。

清軍占領(lǐng)西安后，多鐸按照原定計(jì)劃繼續(xù)向東南進(jìn)軍，而阿濟(jì)格從陜北一路南下，繼續(xù)追擊李自成。一路逃到湖北襄陽(yáng)的李自成調(diào)走了7萬(wàn)襄陽(yáng)守軍，加上他率領(lǐng)的13萬(wàn)，共計(jì)20萬(wàn)人馬，他準(zhǔn)備要攻打南京。

李自成撤走襄陽(yáng)守軍是最大的失策，因?yàn)橄尻?yáng)是扼守江南的咽喉之地，放棄襄陽(yáng)就等于放棄了江南。果然，很快阿濟(jì)格就追了上來。在河南、湖北多地，大順軍和清軍大戰(zhàn)八次，連戰(zhàn)連敗。李自成深知不是清軍的對(duì)手，于是決定搶在清軍前面，拿下江南作為棲身之地。大順軍渡過長(zhǎng)江，擊敗了當(dāng)?shù)伛v守的明軍，這使得駐守武昌的左良玉驚慌不已，左良玉20萬(wàn)大軍一槍不放就向南京撤去。

就這樣，大順軍輕松拿下武昌后，準(zhǔn)備攻取南京。但是清軍根本沒有給李自成機(jī)會(huì)，他們馬不停蹄，緊追不舍，大將劉宗敏請(qǐng)戰(zhàn)清軍，結(jié)果敗下陣來。無奈李自成又放棄武昌，繼續(xù)率軍南下。1645年4月，清軍趁著大順軍不備，沖入大順軍營(yíng)，大破之，俘虜大將劉宗敏和軍師宋獻(xiàn)策及其大量隨軍家屬，連遭大敗的李自成實(shí)力大損，再加上此時(shí)進(jìn)攻南京的道路已被多鐸的東路清軍所切斷，無奈李自成只好率軍轉(zhuǎn)向西南，打算進(jìn)入江西，再?gòu)慕鬟M(jìn)入湖南。

五月初的一天，李自成行至湖北通山縣九宮山下時(shí)，帶領(lǐng)少數(shù)隨從前行視察，不料遭到了當(dāng)?shù)氐刂髅駡F(tuán)的襲擊。這些當(dāng)?shù)卮迕褚娏骺苋藬?shù)不多，紛紛從山上拋下石塊往下砸。當(dāng)時(shí)李自成身邊只有不到30人，突然遇到襲擊，都以為遭到埋伏，倉(cāng)皇之間紛紛逃散。此時(shí)又逢天降大雨，李自成一人一馬在泥濘中蹣跚前行。農(nóng)民程九伯見李自成只有一人一馬，也不知道眼前這位就是赫赫有名的李闖王，程九伯只想搶他的戰(zhàn)馬，于是就拿著鋤頭竄了出來。李自成畢竟是身經(jīng)百戰(zhàn)之人，程九伯根本不是他的對(duì)手。打斗之中，李自成將程九伯騎在身下，就要回身抽刀砍他，但是刀鞘灌進(jìn)了很多泥水，一時(shí)拔不出來，正在此時(shí)，程九伯的外甥趕到了，見舅舅危急，掄起鐵鏟就向李自成的腦袋砸去，結(jié)果大順皇帝李自成當(dāng)場(chǎng)斃命。

就這樣，為了天下農(nóng)民的農(nóng)民起義軍的首領(lǐng)最終卻死在了一個(gè)農(nóng)民的手上！