同治年間，陜甘地區爆發回民反清戰事，戰火蔓延陜西、甘肅、寧夏、青海、新疆廣大區域，歷時十余年方才平息。

戰事結束后，清廷任命左宗棠主持西北善后工作，針對各地回民采取了不同的處置方式，其中金積堡、肅州、西寧等地的回民遭遇了強制遷徙與人員懲處，而河州地區的回民卻成為特殊例外。

河州地處西北農牧交錯地帶，東接狄道州（今甘肅省臨洮縣），西連循化，南鄰洮州，北靠黃河，是連接甘肅中部與西部的交通要地，也是回民聚居的重要區域之一。

同治二年，陜西回民起義的影響波及甘肅，河州地區回民紛紛舉兵響應。馬占鰲率眾攻克河州城后，逐步控制河州及周邊狄道、循化等廣袤區域，與金積堡、西寧、肅州的起義軍形成呼應，成為甘肅境內四大反清勢力之一。

在此后的數年間，河州憑借洮河天險與復雜地形，抵御了清軍多次進攻，始終保持著相對獨立的控制狀態，當地回民的生產生活雖受戰事影響，但并未遭遇毀滅性打擊。

同治七年，清廷調任左宗棠為陜甘總督，全權督辦西北軍務，負責平定各地起義、恢復地方秩序。

左宗棠抵達西北后，先穩定陜西局勢，再逐步進軍甘肅，于同治九年率先攻破金積堡，平定馬化龍部起義，隨后整飭軍隊、籌備糧草，將下一個用兵目標鎖定河州。

同治十年九月，左宗棠進駐安定（今甘肅省定西市），兵分三路渡過洮河，攻占三甲集等戰略要隘，直逼河州腹地，雙方在太子寺（今甘肅省廣河縣）一帶形成對峙。

太子寺之戰大勝后，河州起義軍內部士氣高漲，多數將領主張乘勝追擊，擴大控制范圍，甚至計劃進攻左宗棠駐守的安定大營。

但馬占鰲認為僅憑河州一地之力，根本無法長期對抗清廷的全國軍力，若繼續抵抗，最終必然招致清軍的報復性鎮壓，河州回民將面臨滅頂之災。

經過反復斟酌，馬占鰲力排眾議，做出了趁勝投降、保全族眾的決策，他向各部頭領闡明利害，最終統一了內部意見，決定主動向清軍投誠，以放棄抵抗換取清廷對河州回民的善待。

馬占鰲先派遣部下前往三甲集清軍行營遞交降書，清軍前線將領核實情況后上報左宗棠，得到初步應允。

隨后，馬占鰲派遣其子馬七五（后改名馬安良），聯合其他起義首領的子弟共十人，組成請降使團，前往安定左宗棠大營正式投誠，同時向清軍上繳騾馬四千余匹、槍矛軍械一萬四千余件，以實際行動表明投誠的誠意，無絲毫保留與隱瞞。

左宗棠在戰場受挫的情況下，接到馬占鰲主動請降的消息，經過詳細核查確認投誠無詐，隨即于同治十一年三月上奏清廷，請求批準接受馬占鰲所部投誠，很快得到朝廷批復。至此，河州戰事兵不血刃宣告結束。

河州招撫事宜敲定后，清廷并未對當地回民采取懲處、清算、強制遷徙等極端措施，而是依照《準撫條規》《安插回民告示》《撫后禁令》等官方規制，推行了一系列寬厚、穩妥的善后舉措，全方位善待河州回民。

清廷專門在河州南鄉設立振撫局，對投降回民就地安置、留存本土、不搞遠遷。

據《甘肅河州招回難民花民清冊》完整記載，同治十二年三月初一至三月三十日，僅河州南鄉振撫局就成功招回流亡難民兩千零九十五戶，合計男丁三千六百一十口、婦幼五千一百八十八口，這些難民均為河州本地回民，清廷允許他們返回原住村落，認領原有田產房屋，無需背井離鄉前往陌生地域謀生。

這一安置方式，與金積堡、肅州、西寧回民被強制遠遷的境遇形成天壤之別。

金積堡被清軍攻破后，左宗棠下令收繳全部武器，掘毀堡墻，馬化龍等核心首領被處置，一千八百余名起義骨干及相關人員遭懲處，一萬二千余名老弱婦女被強制解往固原州荒地安置，三千余名僑寓回民被解往平涼，金積堡原有的回民聚居格局徹底瓦解。

肅州戰事結束后，清軍將當地二千數百名老弱婦女解往蘭州，后安置于金縣（今甘肅省榆中縣），肅州境內再無回民居住，甘州、涼州兩地回民在戰亂與善后中損失殆盡，幾乎無留存。

西寧地區的兩萬陜回在戰事結束后，被分三批強制遷徙至清水、秦安等地，遷徙過程中還出現漢民爭奪土地、堡寨阻擋安置的沖突，需官府強行彈壓。

而河州回民自始至終未遭遇大規模屠戮、清算與強制遠遷，本土聚居格局得以完整保留。

清廷對河州回民的善待，在當地民間也留下了真實的歷史印記，河州一帶長期流傳著“左宮保的章程，一劈兩半”的說法，直白反映出左宗棠代表清廷對河州回民的處置態度，與金積堡、肅州等地截然不同。

得益于清廷的妥善安置與善待舉措，河州回民的人口得以大規模留存，農業生產快速恢復，社會秩序迅速穩定，未出現陜甘其他地區那般毀滅性的人口損失。

同治年間的戰亂中，西安府1861年至1880年人口減少約二百三十二萬，百分之八十二的人口死于戰亂；

寧夏府人口損失超過三十萬；蘭州府戰爭損失人口二百一十余萬；

平涼、化平川等地漢民百不存一，區域人口近乎滅絕。

而河州地區的回民大多留存本土，人口損失程度遠低于其他區域。

戰后，河州憑借完整的人口根基與穩定的社會環境，逐步發展成為甘肅境內規模最大的回民聚居區，這一民族分布格局一直延續至近現代，深刻影響了甘肅的民族結構與地方發展。