如今,質譜早就成了科研里的常用工具,但在實際課題中還是經常會遇到問題:復雜樣本不好處理、低含量物質測不準、結果沒法重復……想做出高分研究并不容易。為了幫大家用好質譜,我們拆解了多組學、復雜樣本分析等多種應用場景案例:
案例一:單細胞代謝組學、癌癥精準分型
應用難點:針對單細胞體積極小、代謝物含量極微、前處理流程復雜且易引入誤差,以及細胞異質性導致分型困難的問題,通過全自動單細胞前處理技術與高分辨質譜聯(lián)用,實現(xiàn)單細胞代謝物的高靈敏、無偏差檢測與精準分型。
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采用了 SinCell-100 全自動單細胞分析系統(tǒng)與 Orbitrap Exploris 240 質譜聯(lián)用平臺。自動化完成單細胞定位、皮升液滴萃取與電噴霧離子化,最大程度減少人為誤差;質譜系統(tǒng)以 240,000 FWHM 高分辨率、DIA 非靶向采集模式及正/負離子切換功能,實現(xiàn)低豐度代謝物的高效捕獲。成功檢測出 295 種內源性代謝物,實現(xiàn)癌細胞與正常細胞的精準區(qū)分,篩選出 94(AGS vs GSE)和 85(HGC vs GSE)種差異代謝物,精氨酸、賴氨酸等成為潛在胃癌標志物。
案例二:代謝組學標準化、靶向定量檢測
應用難點:針對臨床代謝組學研究中實驗流程不統(tǒng)一、基質效應干擾定量準確性、大樣本批次間穩(wěn)定性問題,通過構建穩(wěn)定同位素標記內標體系、優(yōu)化色譜-質譜參數(shù)、建立多維度質控流程,實現(xiàn)目標代謝物的標準化精準定量。
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以三重四極桿(QqQ)質譜為核心平臺,采用信息驅動或全面譜圖分析兩種策略構建靶向代謝物面板。優(yōu)先選用 13C/15N 標記內標,早期加入樣本以校正提取效率和基質效應;通過色譜分離適配不同極性代謝物,結合駐留時間優(yōu)先級(DTP)優(yōu)化,保障低豐度代謝物的檢測靈敏度。同時設置系統(tǒng)適用性樣本、混合 QC 樣本和參考樣本全程監(jiān)控數(shù)據(jù)質量,有效降低樣本間變異,成功實現(xiàn)大規(guī)模臨床樣本的標準化定量。
案例三:肥胖模型脂質組學、復雜生物樣本高重復檢測
應用難點:針對血漿等復雜生物樣本基質干擾強、脂質種類多且易受基質抑制,以及實驗結果重復性難保障的問題,通過優(yōu)化前處理流程、質譜采集模式和數(shù)據(jù)處理方法,實現(xiàn)脂質的高靈敏、高重復鑒定與定量。
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以飲食誘導肥胖小鼠為研究對象,采用單步異丙醇提取法處理血漿樣本,添加 SPLASH Lipidomix 內標保障檢測穩(wěn)定性;借助質譜的 120,000 高分辨率和智能采集技術,自動排除背景和冗余信號,聚焦樣本特異性脂質的碎片化分析;同時結合 Compound Discoverer 和 LipidSearch 雙軟件進行數(shù)據(jù)整合,最終鑒定出 610 種獨特脂質分子,成功篩選出高脂飲食組與正常飲食組的差異脂質。
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內容策劃:鄒禮平
內容審核:吳軍
題圖來源:自己做的
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