儒學自先秦孔、孟奠定基本框架后，在長達千余年的時間里，并未在思想學術界取得真正的壟斷地位。直到進入宋代，由于理學的逐漸興盛，到了朱熹以后，幾經改造的儒學（主要指程朱理學）才開始逐步控制思想學術，進而楔入政治領域，最終得以在社會上廣泛流布。宋代的儒學是以理學的面目出現的，它的主要特色在于闡釋義理，兼談性命。在這方面，唐代的韓愈、李翱為之首開先聲。入宋以后，雖有“宋初三先生”孫復、胡瑗、石介以繼承儒家道統自居，但實際承接韓愈、李翱道學的乃是周敦頤、張載、二程兄弟（顥、頤）。其中二程兄弟尤為突出。

二程被認為是北宋理學的實際開創者。他倆的學說，以“心傳之奧”奠定了道學的基礎，更以“理”為最高的范疇，因此亦稱作理學。二程的學說，特別是其核心觀點——“存天理，去人欲”，后來被朱熹所繼承和發展，世稱程朱學派。就二程的學說主旨而言，兄弟倆并無二致；但在義理的具體延伸、闡發及個人性情方面，他倆卻有著較大差別。誠如黃宗羲在《宋元學案》中說：

大程德行寬宏，規模闊廣，以光風霽月為懷。小程氣質剛方，文理密察，以削壁孤峰為體。其道雖同，而造德各有所殊。

理學發展到南宋朱熹那里，最終形成一個比較完備的學術體系。朱熹（1130-1200），字元晦，號晦庵，徽州婺源（今屬江西）人，僑寓建陽（今屬福建）。其一生著述繁富，主要有《四書章句集注》《周易本義》《詩集傳》《楚辭集注》及后人編纂的《晦庵先生朱文公文集》和《朱子語類》等多種。他還對北宋以來理學家的著述作了許多注解和編纂的工作，如《太極圖解》《通書解》《西銘解》《正蒙解》以及《謝上蔡語錄》《延平（李侗）問答》《近思錄》《程氏遺書》等；又作《伊洛淵源錄》，說明程學淵源。朱熹的講學地在福建路的建陽考亭，故其學派被稱為閩學或考亭學派。

朱熹號為集理學之大成，在哲學上發展了二程關于理氣關系的學說。他所建立的理學體系，被當代學者視為客觀唯心主義的思想體系。這首先體現在他關于宇宙萬物的學說，繼承了二程、張載以及邵雍、王安石等人的觀點并及當時科學成果，認為一切事物都是由對立物組成，“天下之物，未嘗無對”，“至微之物，也有個背面”。他進而提出對立的雙方是由“一”化分出來，太極生兩儀，兩儀生四象，四象生八卦，“節節推去，莫不皆然”，“此只是一分為二，節節如此，以至于無窮，皆是一生兩爾”。朱熹此說，貌似張載的“二端”論，或有老、莊樸素辯證法的味道。但是，當朱熹用此眼光去觀察人世時，卻轉向了唯心主義和形而上學。因為他此說乃是以“理在先，氣在后”為前提的，即以客觀精神（理）為本，為第一性，物質世界（氣）則是前者的表現、產物，屬第二性。

在如何看待“存天理，去人欲”的問題上，朱熹于“人性本明”的基礎上提出“人只有天理、人欲兩途”，“此勝則彼退，彼勝則此退”。朱熹認為，二程的“存天理，去人欲”就是要用天理戰勝人欲。他說：

孔子所謂“克己復禮”，《中庸》所謂“致中和”“尊德性”“道問學”，《大學》所謂“明明德”，《書》曰“人心惟危，道心惟微，唯精唯一，允執厥中”，圣人千言萬語，只是教人明天理，滅人欲。

朱熹用他的“理在氣先”論來論證君臣、父子、夫婦之間的關系，認為它們和季節有春夏秋冬一樣，乃是“天理使之如此”。天理“張之為三綱，紀之為五常”，“亙古亙今不可易”、“千萬年磨滅不得”。

在朱熹那里，不僅僅是君臣之間，而且在父子、夫婦以至兄弟之間，都是“尊卑上下”的統治關系。“乾尊坤卑，陽尊陰卑，不容并也”。族長和家長，統治整個家族。“一家亦只容有一個尊長，不容并立，所謂尊無二上”。

“罷黜百家，獨尊儒術”的漢武時期的董仲舒在《春秋繁露》中提出“王道三綱”之說，主旨乃在張揚“君臣父子夫婦之義，皆取諸陰陽之道”。而經朱熹發揮，三綱五常成為后世維護封建等級制度的道德支柱。

在理學上與朱熹對峙的是陸九淵（1139-1193）。他字子靜，自號存齋，撫州金溪（今屬江西）人，曾結茅講學于象山（在今江西貴溪縣西南），世稱象山先生。其創立的學派稱象山學派，后由明人王守仁繼承發展，成為陸王學派。著作經后人整理編為《象山先生全集》。

陸九淵學說的核心是“心即理”說，認為天理、人理、物理只在個人心中，心是唯一的實在，“宇宙便是吾心，吾心即是宇宙”。而“心”和“理”是永恒的：“千萬世之前有圣人出焉，同此心，同此理也；千萬世之后有圣人出焉，同此心，同此理也；東南西北海有圣人出焉，同此心，同此理也。”陸九淵把“心”當作通萬物同天地的本體，這就比朱熹以天理為本體、為第一性而更令人親近。當然，陸九淵以“心”為第一性，也屬于唯心主義的范疇（當代學者視之為主觀唯心主義），這是無須贅言的。但是，陸九淵“特別凸顯‘心靈’的意義……把‘心’提升到如此之高的地位，其實其本意當然是把人的道德理性的自覺性和自主性上升到終極依據”。

陸九淵和后來發揚他學說的王守仁均視“心”為宇宙萬物的本原，所謂“圣人之學，心學也”。所以后人也稱陸王學派為“心學”。

在具體的學習方法上，陸九淵主張“先發明人之本心，而后使之博覽”，認為治學的方法應該是向內體察，其修養指向與終極目標都只在向內培養心靈上。因為“萬物皆備于我，只要明理”，一切便在自我掌握之中了。他因此提出那充滿豪氣的千載名言：“學茍知本，六經皆我注腳”。

南宋淳熙二年（1175年）四月，陸九淵與朱熹在信州（治所在今江西上饒）鵝湖寺舉行了一次轟動學術界的辯論會，史稱“鵝湖之會”。兩方唇槍舌劍，各自為自己的學說慷慨陳詞，駁難對方。陸九淵自命為“易簡工夫”，譏諷朱熹的“格物致知”論，認為是“支離事業”；而朱熹則嘲諷陸為“禪學”。陸九淵對朱熹之譏，甚為極端；因為外在知識于人的內在修養，是相輔相成的。而朱熹對陸九淵之諷，則反映出作為官方承認的正統理學家的深深憂慮；因為朱熹看到了陸九淵的心學確實已具南宗禪那種“心的宗教”的模樣：以我為主，我行我素，自立自主，無所羈絆。誠如陸九淵自己所述：

我觀人之好壞真偽，不在言行，也不在功過，而是直截了當的抓出他的心肝來看。做一個人，不要畏首畏尾，而要有一番狂勇的雄姿。

此理在宇宙間，何嘗有所礙？是你自沉理、自蒙蔽、陰陰地在個陷阱中，更不知所謂高遠底。要決裂破陷阱，窺測破個羅網……

激勵奮迅，沖破羅網，焚燒荊棘，蕩夷污澤……

仰首攀南斗，翻身倚北辰。舉頭天外望，無我這般人。

從來膽大胸膈寬，虎豹億萬虬龍千，從頭收拾一口吞。有時此輩未妥帖，哮吼大嚼無毫全。朝飲渤澥水，暮宿昆侖顛，連山以為琴，長河為之弦，萬古不傳音，吾當為君宣。

這氣勢、這膽量、這豪邁勁，堪比李白的《大鵬賦》！葛兆光先生指出，陸九淵的“心學”指向，“有可能連那種道德理性的最后防線一道決破。雖然在陸九淵的時代，這種思想并沒有出現，但是在后世強調沖決羅網，張揚個性的時候，它卻真的作為一種思想資源。”

淳熙二年的鵝湖之會不僅在理學史上，而且在儒學史上也是一個大事件。它說明儒學內部其實潛伏著變革反叛的巨大能量；而它一旦暴發出來，竟是那么的五彩繽紛，是那么的絢爛動人，是那么的富有生氣！它說明儒學不僅強調集體主義，注重對人的群體價值尊嚴的尊重，同時也鼓勵個性主義，注重對人的個體價值尊嚴的尊重。陸九淵之時以及后來的元代和入明以后的一段較長時期，陸九淵的“心學”盡管都屬于邊緣學問，未能處于理學和儒學的中心位置，但它點燃的強調自我、發掘自我的心學火炬（其實是續接了玄學和禪宗的精神），卻一直暗中影響著同處于社會和學術邊緣的那些具有叛逆個性的學者、士人以及蔑視傳統的年輕人。

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