相信不少學(xué)過高中生物的網(wǎng)友都有疑惑,為什么網(wǎng)上會(huì)出現(xiàn)兩種截然相反的結(jié)論,一種是高中生物的A和a,另一種是基因突變啊,頻率啊甚至還有表觀之類的,雖然聽不懂但是很厲害的樣子。其重要原因之一就是教科書滯后的緣故(ps:絕大多數(shù)A/a都是站不住腳的…)
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今天的我們開口閉口基因,各種基因檢測都已經(jīng)走進(jìn)了尋常百姓家,不少疾病,醫(yī)生都會(huì)說做個(gè)基因檢測去,各種公司很多概念炒的不亦樂乎,什么智商基因,美白基因之類的…
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這些其實(shí)都源于十多年前的一次生物革命。
01,生命科學(xué)大爆發(fā)
我來簡短的講一下這個(gè)過程,相比于物理化學(xué),我們對(duì)生物的認(rèn)識(shí)一直都很慢。
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大概在1940年左右,我們才徹底搞明白人類的遺傳物質(zhì)是核酸。而它的結(jié)構(gòu),是在10年后的1953年,由沃森和克里克搞出來。就是這個(gè)眾所周知的雙螺旋,很多機(jī)構(gòu)都用它來作logo,包括中關(guān)村。
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學(xué)過高中生物的都知道DNA是ATGC組成的,ATGC的不同組合代表不同的信息,今天還有人用這個(gè)做儲(chǔ)存和DNA運(yùn)算。直到20年后,1973年,Sanger發(fā)明了雙脫氧終止法,我們才可以了解DNA上ATGC的排布順序。
Sanger是個(gè)牛人,拿了兩次諾獎(jiǎng),而且還是貨真價(jià)實(shí)的兩次化學(xué)獎(jiǎng),分別是蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)(胰島素)和DNA測序。
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Sanger測序的原理不多說,我們知道ATGC的排列是代表了信息,那么人類的這個(gè)列有多長呢?大概30億bp,我們要測序就是從頭數(shù)過去。
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02,人類基因組計(jì)劃
1985年,美國科學(xué)家率先提出了人類基因組計(jì)劃(human genome project, HGP),這個(gè)計(jì)劃和曼哈頓工程、阿波羅登月計(jì)劃并列為20世紀(jì)三大工程,科學(xué)家的想法就是把這30億的人類基因組給數(shù)完,看看我們的基因組到底是啥情況。
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這個(gè)計(jì)劃1990年正式啟動(dòng),最初是美國、英國、法國、德國和日本五個(gè)世界頂尖國家參與,1999年,也就是這個(gè)計(jì)劃完成的倒數(shù)第三年,中國人加入了,領(lǐng)了百分之一的任務(wù)。
當(dāng)時(shí)的參與者是中科院基因組所的楊煥明,他測了一段序列,據(jù)說是他本人的,命名為炎黃一號(hào)。
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當(dāng)然這次計(jì)劃的副產(chǎn)品就是今天大名鼎鼎的華大基因公司。華大基因在基因領(lǐng)域的地位,大概相當(dāng)于阿里巴巴集團(tuán)在電商領(lǐng)域的地位。
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HGP一共花費(fèi)了30億美元,在2001年完成了人類基因組測序。而10多年后的今天這個(gè)工作只需要不到1000美元,價(jià)格不足十萬分之一。
why?難道是各國科學(xué)家共同完成的人類基因組計(jì)劃???No!
03,科學(xué)狂人
這是一個(gè)人逆天完成的,這個(gè)人就是打了無數(shù)生物學(xué)家臉的生命科學(xué)巔峰人物J.Craig Venter。
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當(dāng)六國科學(xué)家哼哧哼哧的去從克隆測基因數(shù)序列的時(shí)候,科學(xué)狂人Venter提出了想法,我們能不能把基因直接打碎了,然后單獨(dú)測,最后拼接呢?也就是所謂的鳥槍法/霰彈法(shotgun)
他的說法被很多人嘲笑,也不被主流科學(xué)家認(rèn)可。但是Venter是個(gè)天不怕地不怕的人,這家伙覺得既然主流科學(xué)家不認(rèn)可他,那么他就自己單干,于是他組建了個(gè)公司,用自己的辦法去做。
結(jié)果呢,六國科學(xué)家耗費(fèi)10多年花了30億美元做的事情,venter一個(gè)公司花了兩三年時(shí)間搞定了。結(jié)果大家一下子傻眼了,這個(gè)時(shí)候Venter出了,為了全人類的利益,雜志社決定把Venter的文章壓住,然后等六國科學(xué)家的文章寫出來在一起發(fā)表(這個(gè)屬于路邊社消息,大家自己斟酌)
六國科學(xué)家12月7號(hào)投稿,比venter晚兩天,接收時(shí)間早十天,發(fā)表時(shí)間比venter早一天,好巧妙。(請(qǐng)留意日期,其中Science是venter發(fā)的)
Nature :
Received 7 December 2000;
Accepted 9 January 2001;
Published 15 February 2001;
Science:
Received 5 December 2000;
Accepted 19 January 2001;
Published 16 February 2001;)
而且Science比nature引用少了三分之一(文圖不相關(guān)哈,較真者請(qǐng)繞行)…
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牛逼不,就像張無忌挑戰(zhàn)六大門派一樣,彪炳千古。venter的這一成果的巨大意義在于開辟了二代測序。
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從此,大家基本不采用六國科學(xué)家的辦法,而采用venter的辦法進(jìn)行測序,也帶來了基因組的巨大爆發(fā),但是這梁子結(jié)下了。
04,合成生命
當(dāng)然venter這個(gè)人不僅牛在一個(gè)人pk六國科學(xué)家的豐功偉績。他還是最接近上帝的一個(gè)人——合成生命!文特爾生于1946年10月14日,生物科學(xué)界著名的破壞分子,不被主流認(rèn)可的一個(gè)人。但他卻是人類史上首位合成生命的人,人類史上最接近上帝的人。
他在實(shí)驗(yàn)室中利用化學(xué)物質(zhì)制造了一整個(gè)基因組,然后將這個(gè)合成基因組植入到一個(gè)空細(xì)胞中。接下來,這個(gè)細(xì)胞根據(jù)植入的基因指令開始自我復(fù)制和修正。
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這是一個(gè)地球上從未出現(xiàn)過的生命,可以說是創(chuàng)世了。(當(dāng)然你也可以認(rèn)為是個(gè)組裝的生命)
順便,venter大器晚成,可以當(dāng)大家的榜樣哈。45歲還在做博士后,然后突然間,腦洞大開,2000年第一場雪后,一個(gè)月搞定一篇nature genetic,一個(gè)人搞定六國科學(xué)家的事情,7年拿到美國的院士。他會(huì)不會(huì)是穿越了呢?
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現(xiàn)在生物領(lǐng)域的問題之一是:日益增加的生物大數(shù)據(jù)和落后的分析處理數(shù)據(jù)能力之間的矛盾!
05,補(bǔ)充閱讀
1,關(guān)于venter
這就是全世界最牛的個(gè)人基因組測序結(jié)果,沒有之一 | 科學(xué)人 | 果殼網(wǎng) 科技有意思J. Craig Venter: 天下英豪數(shù)第一
2,關(guān)于測序
a)為了講故事,所以會(huì)忽略很多大牛,比如Francis Collins。
b)比如人類很早已完成了細(xì)胞色素c的序列分析等等
c)三代測序目前最大的問題之一是組裝錯(cuò)誤,所以如何優(yōu)化算法是亟待解決的。
d)特別說明:就像知友指出的,shotgun主要是一種策略,但是這種策略要比最初的克隆測序辦法快很多,而二代測序還有測序技術(shù)本身上的突破,比如illumina的邊合成邊測序。另外,shotgun并非完美,對(duì)于復(fù)雜序列,還是要用老辦法。
3,為什么A和a這種分析大部分是錯(cuò)的呢?
如果你對(duì)基因有所了解,你一定知道,一個(gè)基因往往長度是幾萬幾十萬,而A和a其實(shí)說穿了一般是某個(gè)SNP,它根本無法反應(yīng)那幾十萬個(gè)堿基的狀態(tài),互作,要知道人類突變的分布很多,大概每8個(gè)堿基就有1個(gè)突變(ExAC)。
更別提對(duì)于絕大多數(shù)性狀,即使是最粗淺的遺傳學(xué),還是最簡單的孟德爾遺傳,對(duì)于基因表達(dá),就有外顯度,多效性,表現(xiàn)度和非遺傳因素這四大影響因子。
所以單獨(dú)用A和a,只是一種極其省略、近似的理解,略懂即可,真要用A和a解讀,十有八九會(huì)錯(cuò)。
必須指出:本文的寫作多少有些戲言,六國科學(xué)家的努力并不是白費(fèi)的,他們的數(shù)據(jù)非常有意義,正是因?yàn)橛辛鶉茖W(xué)家的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)和Venter的互相印證,才讓我們可以放心的使用shotgun,否則的話,萬一拼錯(cuò)了都不知道。
除了上述發(fā)現(xiàn),還有個(gè)新內(nèi)容,大家知道遺傳是先天的對(duì)吧?現(xiàn)在科學(xué)家發(fā)現(xiàn)了后天遺傳,就是那種很像拉馬克的理論(像,但不是哈)。
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