大規模的義和團運動被撲滅后，中外都認識到中國和西方列強存在巨大差距，中國幾十年的改革圖強成效并不大，這說明不觸及政治制度的變革無法使中國實現自立自強。西方列強不希望中國再出現大規模的排外運動，因此在聯軍侵華戰爭結束后，極力要求清政府嚴懲鎮壓義和團不利的官員，并想方設法將中國拉進世界一體化的軌道，對中國的政治架構、經濟形態，乃至國民的思想意識進行徹底改造，使之與東西方各國大致相同。

列強要求凡事發生過排外事件的地區的青年學子停止參加科舉考試若干年，在全國范圍內禁止成立任何排外組織，張貼或出版任何排外宣傳品。列強打算通過這種方式試圖從思想上徹底改變中國的年輕人，使中國的下一代能夠建立起與東西方各國比較一致、比較協調的思想認識，減少中國與西方之間的文化沖突。這對于后來新式教育的大規模推廣，科舉制度波瀾不驚地被廢除，起到了非常微妙的作用。

根據歷史經驗每次清政府遭遇重大屈辱和挫折后都會進行革新和改革，這次也不例外，1900年12月1日，清廷上諭詔內外大臣督撫條呈朝章國政、吏治民生，學校科舉、兵政財政的改革事項，限兩個月內具奏。這意味著清廷開始考慮重回政治變革的軌道，并開始為即將啟動的新政進行實實在在的準備。而且也意味著大清王朝的最高領導人認同了危機意識，認同了普世價值，認同中國必須世界化、必須與世界同步發展這一客觀而不可更易的大原則。

盡管這個上諭是在內外部的政治壓力下發布的，但對于國家來說也是一個良好的開端，中國或許有機會走出一條新路，成為國際社會中一個負責任的成熟大國。

事實上在清廷鼓勵下，各地方官員提出了一些好的建議，并逐漸被朝廷所采納。山東巡撫袁世凱最先響應朝廷號召，上《遵旨敬抒管見上備甄擇折》，袁世凱的十條建議沒有觸及政治改革，而是將改革限定在易行、易效的范圍，沒有像康有為1898年那樣大動干戈，大張旗鼓，容易被接受實施。張之洞、劉坤一聯名連上三份奏折，合稱為“江楚會奏變法三折”，不過它們和袁世凱的奏折一樣，一個比較中庸、比較實用，并沒有多少政治鋒芒和政治刺激的東西。他們并沒有指望一步跨入一個新的時代，開辟新紀元，只是要求清廷重啟久已中斷的政治改革進程，小心推進，碎步式前行。

當八國聯軍侵華問題基本解決后，慈禧和光緒帝從西安返回北京，新政在這種背景和政治氛圍中拉開了大幕。

科舉制度的改革是這次新政的重要內容之一，康有為曾在百日維新期間力主廢除科舉制，已經獲取功名的康有為總覺得這是發起政治改革的突破口，他通過各種關系對政府施加影響，期待清廷廢除這一歷史悠久的教育制度，至于替代方式、廢除的后果，似乎康有為都沒有仔細地考慮，終因過于激進未能實施。

最開始的科舉制一種比較有活力的公平公開公正的選拔人才的制度，但八股取士讓學子們陷入學非所用，用非所學的困境。隨著世界大勢的變化，以儒家經典為主要內容的考試科目已經與社會需求嚴重脫節，科舉制度走向墮落，改革科舉制度逐漸成為基本的社會共識。

之所以是改革而不是直接廢除，是因為清政府考慮到沒有其他更合理更科學的考試制度出現之前，以公平公開公正為主要訴求的科舉考試制度可能還有其合理性和存在的依據，貿然廢除這個沿襲上千年的人才選拔制度，是不負責任的，更是堵塞了一代年輕讀書人的出路。所以，清廷主政者盡管知道了科舉制度的弊病，但也只能進行修補，先是以特科的辦法招收選拔那些偏才怪才和奇才，然后再考慮參照西方的現代教育制度重建中國的教育制度、考試制度，最終取代中國舊有的制度將會是一個漫長的過程，要有一代人至少是若干年的過渡。

依照這種政策思路還是延續百日維新從克服科舉制度的弊病，怎樣引進西方新教育，重建中國教育制度入手。兩廣總督陶模與廣東巡撫德壽仔細辨析了古今中外人才選拔制度的利弊得失，向清廷建議恢復三代之制，以學校取代科舉，責成各地廣設學校，在學有成，予以承認，此后不論何項出身，不分旗漢，不得學校教育文憑者，不得授以實官。學校辦好后，人才自然會培養出來，政府管理、民生、軍事、財政等領域就能逐漸找到合適的人才。同時，商業、農業、工業、化學、醫學等各類專業學科，也應該允許民間自主興辦，國家給予政策支持和鼓勵，讓學有所成的人都能在各行各業發揮作用。建議朝廷采取穩妥方式，逐漸廢除科舉取士制度。

張之洞認為興學堂廢科舉是中國擺脫貧弱，走向富強、走向世界的關鍵。中國由盛到衰其實就是人才枯竭的結果，而要想由衰轉盛，重建輝煌，就只能從人才培養起步。這其實抓住了問題的關鍵，一個國家要走向近代化必須有近代化的人，清朝由封建社會轉向近代社會必須由有近代思想推動近代化變革。

根據這個思想，張之洞、劉坤一對教育改革提了四點建議：

第一設立文武學堂。他們把全國的新式學校教育序列分為三個層次。最基礎的層次，就是全國州縣普遍設立小學校及高等小學校，招收八歲以上的適齡學生，學制七年。第二個層次是在府級行政區設立中學，招收高等小學校畢業的學生，學制三年。第三個層次是在省城設立高等學校一所，招收各府中學畢業生。這些學校的學生學制三年，三年后學成會試，取中者可入仕為官，其成績格外優異者可保送至京城專設的文武大學堂繼續深造。

二是改革文科。他們認為現在時局危機不能不變，既學習有用的東西也不荒廢四書五經。

三是停止武舉考試。世界已經進入熱兵器時代，在以冷兵器時代的武科考試已經落伍了應該淘汰。

四是獎勵游學。建議朝廷逐步放開學生出洋留學的限制，鼓勵學生赴東西洋學習近代科學和各種專門知識，盡快制定學成回國人員的使用政策。這個建議在戊戌變法期間提過并執行過，不過在后來的政治變動中斷了。

清政府接受了張之洞、劉坤一的建議，宣布自1902年始，改革文科并廢止武科。1903年3月13日，袁世凱、張之洞奏請朝廷遞減科舉名額，以免影響新教育的發展。1904年1月13日，清廷頒布按十年三科內減盡科舉。這一段時間是科舉制和新式教育制度并行時期。

1905年日本和俄國為爭奪中國東北的控制權爆發戰爭，而清政府卻只能保持中立，受此刺激，9月2日直隸總督袁世凱、盛京將軍趙爾巽、湖廣總督張之洞、兩江總督周馥、兩廣總督岑春煊及湖南巡撫端方等奏請立停科舉，以便推廣學堂。清廷下詔自1906年丙午科為始，所有鄉會試一律停止。各省歲科考試也停止。并令學務大臣迅速辦法各種教科書。責成各省督撫實力統籌，嚴飭府廳州縣趕緊于鄉城各處遍設蒙小學堂。實行千余年的科舉制度一夜之間被廢除了，且波瀾不驚。