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精準清除特定細胞是生命科學和醫學領域追求了數十年的核心目標。無論是清除病毒感染細胞、富集基因編輯成功的細胞,還是特異性殺傷攜帶致癌突變的腫瘤細胞,理想的技術都應當能夠根據細胞自身的遺傳或轉錄特征進行 "身份識別",并在不影響正常細胞的前提下誘導目標細胞死亡。然而,傳統小分子藥物、抗體藥物、毒素或細胞療法通常只能依賴蛋白結構、表面抗原或特定生存通路發揮作用,對于非編碼突變、融合轉錄本、點突變以及眾多“不可成藥”靶點始終束手無策。其中,TP53 基因的挑戰最為典型。作為人類癌癥中最常發生突變的基因,TP53 在約 40–50% 的腫瘤中存在突變。幾十年來,恢復或靶向突變 p53 蛋白一直被視為腫瘤治療的“圣杯”,但由于突變蛋白往往缺乏可供小分子結合的口袋,這一目標始終難以實現。
2026年6月8日,Nature發表了兩項背靠背研究RNA-triggered cell killing with CRISPR–Cas12a2和Targeting Cancer-Specific Mutations with RNA-Triggered Chromatin Shredding,系統展示了一種基于CRISPR-Cas12a2的全新可編程細胞清除策略。這兩項研究分別由美國猶他大學劉洋團隊和加州大學伯克利分校/格萊斯頓研究所Jennifer Doudna 團隊(曾京昆博士為第一作者)主導完成,建立了“RNA觸發的細胞清除”新范式,為靶向“不可成藥”癌癥突變提供了變革性的新思路。
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從“基因剪刀”到“細胞自毀開關”:Cas12a2 的獨特機制
不同于經典 Cas9 或 Cas12a 通過切割特定位點進行基因編輯,Cas12a2是一種最近發現的V型CRISPR核酸酶,具有獨特的"RNA觸發、反式切割"特性。當Cas12a2與向導RNA(gRNA)形成的復合物識別并結合特定靶RNA后,會釋放出非特異性核酸切割活性,尤其是對雙鏈DNA的破壞能力(圖1)。
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圖1. Cas12a2靶向RNA后反式切割染色質
研究揭示Cas12a2不僅能切割裸露的DNA,還能降解組裝成染色質的DNA,堪稱一臺“RNA觸發激活的染色質粉碎機”。這種機制賦予了 Cas12a2 全新的功能定位:它可以被設計成一種“RNA感知的細胞自毀開關”。只有當細胞表達特定的 RNA 序列時,Cas12a2 才會被激活,進而在細胞內造成廣泛的 DNA 損傷,觸發 DNA 損傷應答、細胞周期阻滯,最終導致細胞死亡。而不含靶轉錄本的細胞則不受影響,能夠正常增殖。
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圖2. Cas12a2選擇性殺傷癌細胞示意圖
基于這一獨特機制,研究人員展示了 Cas12a2 的多個應用前景
1.基因編輯細胞的高效富集
Cas12a2 提供了一種全新的基因編輯富集策略:通過靶向未編輯的轉錄本,只有成功發生編輯、不再表達原轉錄本的細胞才能存活,且這一方法不依賴于任何篩選標記。Cas12a2 可以顯著富集不同編輯技術產生的修飾細胞,包括 FnCas12a 產生的插入缺失突變和 Prime Editor 產生的精確單堿基編輯。
2. "不可成藥"癌癥靶點的突破性靶向
研究表明,Cas12a2 可以通過感知癌癥特異性轉錄本,選擇性殺傷腫瘤細胞,尤其是那些長期以來"不可成藥"的靶點。對于病毒感染,可設計靶向病毒特有轉錄本(如 HPV 的 E6/E7 癌基因)的 gRNA,選擇性清除被感染細胞而不損傷正常細胞。對于 CCNE1、MYC 等在多種腫瘤中擴增且不可成藥的的癌基因,Cas12a2 能根據轉錄本表達水平形成殺傷窗口,在高表達的癌細胞中誘導更強的生長抑制。
最令人振奮的突破在于對癌癥特異突變轉錄本的識別:研究證明Cas12a2 能夠區分僅相差一個堿基的突變型與野生型轉錄本。一方面,靶向 KRAS G12C 突變不僅實現了選擇性殺傷,甚至對抗癌藥耐藥細胞依然有效;另一方面,針對 TP53 這一癌癥治療領域最大的"硬骨頭",研究設計了針對多個 p53 點突變的特異性 gRNA,實現了對突變細胞的高效選擇性殺傷。在 PC9 肺癌小鼠異種移植模型中,經肺靶向 LNP 遞送 Cas12a2 mRNA 與 p53 突變靶向的gRNA,降低了早期腫瘤負荷并延緩了晚期轉移。
癌癥治療邏輯的新范式
Cas12a2介導的RNA觸發細胞清除策略,對癌癥治療提供了全新思路:
從“靶向蛋白”到“靶向 RNA”:不再需要尋找能夠結合突變蛋白的小分子,而是直接將突變 RNA 作為細胞身份標記
從“修復突變”到“清除異常細胞”:不必費力去恢復致病基因的正常功能,而是直接清除表達致病轉錄本的細胞
從“一藥一靶”到“可編程通用平臺”:只需改變 gRNA 的序列,就可以快速開發針對任何 RNA 靶點的新療法
兩項研究共同表明,Cas12a2正在將CRISPR技術從“基因編輯工具”拓展為“可編程細胞清除工具”。這一技術不僅為癌癥治療開辟了新道路,也為多種疾病的治療提供了全新的思路。
論文鏈接:
https://www.nature.com/articles/s41586-026-10466-y;
https://www.nature.com/articles/s41586-026-10738-7
劉洋實驗室(猶他大學醫學院)現面向海內外招收博士后研究人員和博士研究生。實驗室致力于結合前沿CRISPR技術、高分辨率顯微成像及基因組學方法,研究DNA損傷修復的分子機制,并開發新一代精準治療策略。博士后申請者需具有分子生物學、細胞生物學、生物化學、生物信息學或相關領域博士學位;博士研究生申請者需具有相關專業本科或碩士背景,并對基礎生物醫學研究和技術創新具有濃厚興趣。實驗室提供國際化的科研環境、充足的研究資源以及廣泛的學術合作機會。歡迎有志于從事前沿生命科學研究的優秀青年學者加入。有意者請投遞個人簡歷、研究興趣簡介及推薦人聯系方式。
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