傳統(tǒng)觀點(diǎn)認(rèn)為,只有功能蛋白的開放閱讀框才會(huì)被核糖體翻譯。但隨著分析技術(shù)的發(fā)展,越來(lái)越多非經(jīng)典翻譯區(qū)域的小開放閱讀框(small ORF)被發(fā)現(xiàn)具有翻譯能力,其翻譯產(chǎn)物被稱為微蛋白(microproteins)。部分微蛋白表現(xiàn)出了與經(jīng)典蛋白相當(dāng)?shù)姆g信號(hào),但在常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué)的檢測(cè)中卻幾乎“隱身”。既然翻譯過(guò)程正常,為何在細(xì)胞內(nèi)卻難以找到它們的蹤跡?
2026年5月19日,浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院張汕團(tuán)隊(duì)以及生命科學(xué)學(xué)院王勇團(tuán)隊(duì)在Molecular Cell發(fā)表的研究為這一問(wèn)題提供了新的見(jiàn)解。該研究系統(tǒng)描繪了人類非經(jīng)典翻譯產(chǎn)物的折疊與穩(wěn)定性特征。研究發(fā)現(xiàn),大多數(shù)微蛋白從生成之初就帶著不易折疊且容易降解的分子特征。而這種命運(yùn)并非偶然,主要由它們編碼序列的高GC含量與遺傳密碼本身的偏好共同塑造。
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研究人員整合了20多種細(xì)胞和組織來(lái)源的核糖體印跡數(shù)據(jù),鑒定出9000多個(gè)具有翻譯證據(jù)的非經(jīng)典開放閱讀框。進(jìn)一步的結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)表明,大多數(shù)微蛋白可能缺乏穩(wěn)定折疊結(jié)構(gòu),整體呈現(xiàn)較強(qiáng)的內(nèi)在無(wú)序傾向。此外,即使將微蛋白序列打亂,只保留原有氨基酸組成,其無(wú)序傾向依然存在。這說(shuō)明,微蛋白的氨基酸組成很大程度上已經(jīng)決定了它們的折疊命運(yùn)。
既然多數(shù)微蛋白難以形成穩(wěn)定結(jié)構(gòu),那么它們?cè)诩?xì)胞中會(huì)經(jīng)歷什么?研究人員構(gòu)建了人類微蛋白表達(dá)文庫(kù),并系統(tǒng)評(píng)估了這些微蛋白在細(xì)胞內(nèi)的穩(wěn)定性。結(jié)果表明,多數(shù)微蛋白在細(xì)胞內(nèi)具有較低的穩(wěn)定性。而蛋白酶體抑制劑的處理能夠顯著增強(qiáng)微蛋白信號(hào),提示蛋白酶體途徑是清除這些不穩(wěn)定微蛋白的重要機(jī)制。
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▲研究示意圖(圖片來(lái)源:研究團(tuán)隊(duì)提供)
那么,這些微蛋白為什么會(huì)被細(xì)胞的降解系統(tǒng)捕捉?
研究發(fā)現(xiàn),微蛋白的不穩(wěn)定性主要來(lái)自兩類降解信號(hào)。第一類是無(wú)序區(qū)域中暴露的疏水殘基,尤其是亮氨酸,其富集程度與微蛋白的低穩(wěn)定性顯著相關(guān)。第二類則藏在蛋白的N或者C末端,即末端降解信號(hào)(terminal degrons)。
在核苷酸層面,微蛋白編碼序列普遍具有較高的GC含量。由于遺傳密碼天然的映射關(guān)系,高GC序列更容易編碼甘氨酸、精氨酸、丙氨酸和脯氨酸。這些殘基一方面會(huì)削弱蛋白折疊能力,推動(dòng)內(nèi)在無(wú)序;另一方面又常常出現(xiàn)在N或C末端降解信號(hào)中,使微蛋白更容易被E3連接酶識(shí)別。
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圖片來(lái)源:123RF
換句話說(shuō),高GC含量像一把雙刃劍。它可通過(guò)形成更穩(wěn)定的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu),減緩核糖體掃描并促進(jìn)非經(jīng)典翻譯起始,但與此同時(shí),它也在翻譯產(chǎn)物中埋下了不穩(wěn)定的分子屬性。
研究進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn),對(duì)相當(dāng)一部分微蛋白而言,它們可能并不會(huì)積累為穩(wěn)定的功能蛋白,而是在快速降解后作為抗原肽呈遞給免疫系統(tǒng)。因此,它們?cè)诩?xì)胞內(nèi)盡管只會(huì)短暫存在,卻可能在細(xì)胞表面被免疫系統(tǒng)讀取。
總體來(lái)看,這項(xiàng)研究不僅解釋了為什么微蛋白“明明被翻譯了,卻很難被檢測(cè)到”,也為理解新生基因演化、蛋白質(zhì)穩(wěn)態(tài)和腫瘤免疫提供了新的視角。這也提示微蛋白并非蛋白組中的隨機(jī)噪音,它們可能是生命系統(tǒng)在演化前沿不斷生成和篩選的分子試驗(yàn)品,短暫存在卻并不沉默。
原始論文:
[1] Intrinsic Bias of the Genetic Code Shapes the Folding and Stability Landscapes of Microproteins. Molecular Cell (2026). https://doi.org/10.1016/j.molcel.2026.04.021
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