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流式圈門這樣做,數據干凈到審稿人挑不出毛病

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第一次做流式,最崩潰的不是上機,是上完機拿到那堆密密麻麻的散點圖。細胞碎片、死細胞、粘連體混在一起,根本分不清。導師丟下一句「你回去圈個門」,我對著屏幕愣了半天 —— 門在哪兒?

后來被師兄按著頭畫了十幾管樣本,才終于搞明白:圈門不是藝術創作,是一套固定到有點死板的排除邏輯。順序對了,誰畫都一樣。

今天就用人外周血分 T 細胞、B 細胞的真實流程,把每一步在電腦上怎么點、畫什么形狀、排除什么,完完整整走一遍。新手直接照著做就行:

先別急著畫門,看懂兩張圖

流式所有圈門,第一步全都要看 FSC 和 SSC。不用背原理,記住兩句話:

FSC:只看細胞大小,細胞個頭越大,數值越高;

SSC:只看細胞內部結構,細胞內部越復雜(顆粒多),數值越高。

例如:正常人外周血白細胞,在 FSC/SSC 散點圖上自然分成三堆,位置非常固定:

  • 左下角:淋巴細胞(個頭小、結構簡單)

  • 中間偏上:單核細胞(個頭中等、結構中等)

  • 右上角:粒細胞(個頭最大、顆粒最多)


圖 1:外周血三群典型位置,記牢這個圖,后面所有操作都從這里出發

(源自騰訊網視頻)

做好對照,圈門才不會瞎畫

很多人結果不準、重復性差,不是因為不會畫門,而是沒調對照就上樣本。這三類對照,上機前必須調好,不然你圈出來的群可能是假的:

空白對照(未染色細胞):定出陰性基線,分清「真信號」和「背景噪音」

同型對照:排除抗體非特異性結合,避免假陽性

單染管對照:調熒光補償,解決光譜重疊串色


圖 2:對照調好的樣子,陰性和陽性分得清清楚楚

(源于畢合生物)

六步圈門流程:在電腦上一步一步點出來

  • 案例:人外周血,裂紅后染色(CD3-FITC 標記 T 細胞,CD19-APC 標記 B 細胞,7-AAD 死活染料)。

  • 目標:統計樣本中 T 細胞、B 細胞的真實占比。


圖 3. 源自 BD Biosciences

第 1 步:先篩出完整、有效的細胞,剔除所有碎片

調取散點圖:FSC-A vs SSC-A。直接手動畫一個大多邊形門,把中間形態完整、輪廓正常的完整細胞全部圈進去。左下角零散、信號又弱又碎的小點,全是細胞碎片和雜質,直接排除,不要圈入門內。


圖 4:源自丁香園

第 2 步:去掉細胞粘連體(連體嬰)

調取散點圖:FSC-H vs FSC-A,只針對第一步圈好的細胞群單獨分析。正常單個細胞,信號面積和信號高度比例均勻,會整齊沿著對角線排布。兩個或多個細胞粘在一起的粘連體,會明顯偏離對角線。直接畫橢圓門圈住對角線整齊細胞群,門外全部粘連雜體直接剔除。


圖 5:源自菲恩生物


圖 6:源自賽爾普生物

第 3 步:精準篩出活細胞

調取散點圖:SSC-A vs 7-AAD 死活染料,僅對上一步合格單細胞分析。死細胞細胞膜破損,7-AAD 染料能鉆進細胞結合核酸,熒光信號會特別強;活細胞不會結合染料,熒光完全陰性。直接圈出 7-AAD 陰性細胞群,留下來的是高活性合格細胞。


圖 7:活細胞在陰性區,死細胞跑到右邊去了

(源自 Cell Signaling)

第 4 步(可選,但樣本雜質多時必做):純化免疫細胞

調取散點圖 SSC-A vs CD45(白細胞通用標記)。直接圈出 CD45 陽性細胞群,把殘留的少量紅細胞、破碎雜質、非白細胞全部篩掉,后續分群背景會更干凈,數據更穩。


圖 8:CD45 陽性門內才是真正的白細胞

(源自廈泰生物)

如果你的樣本雜質多、背景臟,這一步能讓你后面的分群干凈一大截。

第 5 步:核心熒光分群,精準區分 T 細胞 vs B 細胞

調取散點圖:CD3-FITC vs CD19-APC,只在前面篩選好的活細胞里分析,直接用經典四象限門劃分亞群:

左上象限:CD3 陽性、CD19 陰性 —— 功能性 T 細胞。

右下象限:CD3 陰性、CD19 陽性 —— 功能性 B 細胞。

左下象限:雙陰性細胞,主要是單核細胞、NK 細胞等其他免疫細胞。

右上象限:雙陽性細胞,正常外周血里數量極少,基本可以忽略


圖 9:源自知乎

看到 T、B 清清楚楚分開在四個象限里,前面所有臟活累活就都值了。

第 6 步:導出數據,收工

圈門全部確認無誤后,直接讀取門內細胞占比,就能得到真實可用的實驗數據,這樣數據干凈、重復性高,后續復測誤差也很小。


圖 10:圈門確認無誤后直接讀比例

(源自于 Elanscience)

重復實驗小技巧:保存好門的位置,下次直接調用,不要憑感覺重新畫,否則誤差很大。

三條不廢話的實操原則(血淚總結)

1. 順序不能亂

碎片 → 單細胞 → 活細胞 → 亞群
每一步只在上一步合格的門內操作,不可逆、不許跳步。

2. 不看對照不畫門

基線、補償全部用對照管調好。門畫在陰性邊界上,不要憑肉眼主觀往右挪。挪一次,數據就不敢信了。

3. 門形跟著細胞群輪廓走

常規免疫細胞用多邊形或橢圓門,貼合細胞群邊緣。遇到稀有細胞或弱表達,切換密度圖或等高線圖,邊界看得更清楚,圈得更準。

這套思路還能用在哪?

你學會了上面這套分層排除法,不只是 T、B 細胞,絕大多數流式實驗都能直接套用:

  • 免疫分型:CD4 / CD8 T 細胞亞群、Th1/Th2、單核細胞分群(CD14、CD16)

  • 細胞凋亡:Annexin V / PI 雙染,區分活、早期凋亡、晚期凋亡、壞死

  • 細胞周期:PI 染色,圈 G0/G1、S、G2/M

通用公式:圈出主細胞群 → 圈出單細胞 → 圈出活細胞 → 用特異標記圈出目標細胞


圖 11:整個圈門邏輯的總結圖,看一眼就記住

(源自知乎)

第一次畫門,你可能還是會手忙腳亂。沒關系,照著上面的六步,一步一個圖,畫完一遍之后,你會發現:

  • 那些雜亂無章的散點圖,其實一直都有規律。

  • 保存好你的門模板,下次做重復實驗,直接調用。


這樣出來的數據,你自己敢信,審稿人也挑不出毛病。

編輯:冷漠小 z

題圖:自制

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