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Nat子刊|169倍激活!鄰近誘導劑“重啟”突變p53,加速癌細胞凋亡

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在許多癌癥患者體內,一種本應保護我們免受癌癥侵害的關鍵蛋白——p53,常常因基因突變而“失靈”。p53被譽為“基因組守護者”,一旦失活,癌細胞便失去了最重要的“剎車”系統。

近日,發表在《Nature Communications》上的一項研究,展示了一種全新的治療策略。科學家們開發出一種名為 TRAP-1 的小分子藥物,能夠 精確識別并重新激活最常見的p53突變體之一——p53Y220C ,為癌癥治療帶來了全新的希望。


p53:癌癥中最常“掉鏈子”的守護者

p53是一種轉錄因子,當細胞受到DNA損傷或致癌信號刺激時,它會啟動一系列基因,誘導細胞周期停滯、衰老或凋亡,從而阻止癌變。然而, 超過50%的癌癥患者都攜帶TP53基因突變 ,其中約80%的突變屬于錯義突變,導致p53蛋白結構不穩定,無法結合DNA,從而失去抑癌功能。

特別值得一提的是 p53Y220C 突變,每年影響約12萬名患者。長期以來,科學家嘗試通過小分子“穩定”突變蛋白,但效果有限。一個關鍵問題是: 僅僅恢復蛋白穩定性是否足夠?還是需要更強的轉錄激活作用?


從“穩定”到“激活”:TRAP的全新設計思路

本文的研究團隊沒有局限于傳統的“蛋白穩定劑”思路,而是采用了一種前沿技術—— 化學誘導鄰近(Chemically Induced Proximity) 。

他們設計了一種雙功能小分子,命名為 TRAP(Transcriptional Activator of p53) 。TRAP的一端可以特異性結合突變的p53Y220C蛋白,另一端則可以招募一種名為 BRD4 的轉錄共激活因子。

簡單來說,TRAP像一座“分子橋梁”,把原本無法工作的突變p53和強效的轉錄機器強行拉在一起, 直接“撬動”被癌細胞沉默的抑癌基因表達 。


體外實驗:TRAP-1精準構建p53-BRD4復合物

研究人員首先在試管中驗證了這一設計。通過TR-FRET技術,他們觀察到TRAP-1能夠高效地誘導p53Y220C與BRD4形成三元復合物,并呈現出典型的“鉤狀效應”——這是雙功能分子成功橋接兩個蛋白的經典特征。

而那些無法結合p53或BRD4的對照分子,則完全不具備這種能力, 證明了復合物的形成是TRAP-1功能的核心前提 。


細胞與分子層面:強力激活p53下游靶基因

在攜帶p53Y220C突變的人類胰腺癌細胞BxPC-3中,TRAP-1展現了驚人的轉錄激活能力:

  • 處理后2小時, p21(CDKN1A)和MDM2 等經典p53靶基因的mRNA水平顯著上升;

  • 8小時后,p21的mRNA水平較對照組 升高了169倍 ;

  • 進一步Western Blot驗證,p21蛋白在16小時內顯著積累。

相比之下,單獨使用p53穩定劑或BRD4抑制劑,都無法達到這種效果。 只有TRAP-1這種“橋梁分子”才能實現強效協同激活 。


功能驗證:TRAP-1引發細胞周期停滯、衰老與凋亡

基因表達的激活是否真正轉化為抗腫瘤效應?答案是肯定的。

  • 細胞周期停滯 :BrdU摻入實驗顯示,TRAP-1處理24小時后,BxPC-3細胞幾乎完全停止了DNA復制。

  • 持久效應 :即便在藥物被洗脫24小時后,p21蛋白仍高表達,細胞增殖持續受抑。

  • 衰老與凋亡 :在A549-p53Y220C細胞中,TRAP-1處理6天后,絕大多數細胞呈現衰老相關β-半乳糖苷酶陽性,凋亡比例超過40%。

這些結果表明,短時間脈沖式的TRAP-1處理,就足以“鎖定”癌細胞進入不可逆的生長停滯狀態。


高度特異性:只對p53Y220C突變細胞起效

為了驗證TRAP-1的突變特異性,研究人員在多種細胞系中進行了對比:

  • 在p53野生型的A549細胞中,TRAP-1的抗增殖活性 降低了7.4倍 ;

  • 在非致瘤性結腸上皮細胞CCD 841 CoN中,其活性 降低了21倍 ;

  • 通過CRISPR敲除p53后重新引入不同突變,TRAP-1依然只在p53Y220C細胞中顯著上調p21并抑制增殖。

這說明,TRAP-1并非廣譜毒性分子,而是 高度依賴p53Y220C突變存在的“精準打擊”藥物 。


總結

轉錄因子長期以來被制藥界視為“不可成藥”靶點。本研究通過化學誘導臨近策略, 成功將失活的抑癌轉錄因子p53轉變為可被藥物直接激活的靶點 。

TRAP-1不依賴于傳統的“占位驅動”抑制作用,而是采用 事件驅動的催化型機制 ,即便在較低藥物濃度下仍能持續驅動轉錄。這為未來開發針對其他腫瘤抑制轉錄因子的藥物提供了全新范式。

值得一提的是, 2023年 Gray課題組 曾于 《Nature》 發表的 “ Rewiring cancer drivers to activate apoptosis ” 與這篇設計理念極為相似(這也是小編看的Gray課題組的第一篇文章,驚為天人) 。在這篇具有開創意義的論文中,研究團隊將BCL6抑制劑與BRD4結合配體化學連接,首創了一類名為 “轉錄/表觀遺傳化學誘導臨近分子(TCIPs)” 的新型化合物。實驗證明,TCIP1能夠將BRD4的活性在促凋亡基因上提高50%,而在增強子區域(如促癌基因MYC的增強子)上則降低約10%,實現了精密的“功能重編程”。該方法在彌漫大B細胞淋巴瘤中展現出納摩爾級別的殺傷效力,并且對化療耐藥、TP53突變的癌細胞同樣有效。


不知道是不 是基于TCIP概念在BCL6上的成功,研究團隊將同樣的邏輯遷移至p53Y220C靶點 ,開發出能夠“喚醒”抑癌蛋白的小分子TRAP-1。這不僅說明化學誘導鄰近策略在不同轉錄因子靶點之間具有良好的通用性,也意味著TRAP-1所代表的“事件驅動型轉錄激活”范式,未來有望推廣至更多轉錄因子突變相關的疾病領域。當然,目前TRAP-1尚需進一步優化,以提升其效力和藥代動力學特性。

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