北京
裕王爺（隆慶帝）登基，戚繼光調入京城禁軍擔任神機營副將，屬于嫡系部隊。為了遠離政治漩渦，也是發揮自己特長，戚繼光申請鎮守邊疆區。譚綸此時擔任薊遼總督，保舉戚繼光鎮守北方，官至薊州總兵。
后譚綸升任兵部尚書，戚地不動、官不動，但是逐步進爵（這就可以看出，戚主動和權力中樞保持距離），先后輔佐4任薊遼總督，長達14年之久。期間與蒙古戰事稀少，幾乎沒有戰績。
戚申請將浙江訓練的士兵（親兵）調到薊州，員額3000，這都是戚的鐵桿，后擴充至2萬。俗稱戚家軍。
1582年，張居正逝世后不到六個月，戚繼光遭受彈劾而被罷免，后來調為廣東總兵，官階依舊。1585年，被參劾，免職，回鄉。朋友少有來往，又被老婆拋棄，積蓄甚少，晚年一貧如洗，甚至醫藥費不繼。1588年，有御史上-疏建議重新起用，受萬歷駁回、責罰。三個月后，死于家中。
萬歷中期（1590年代），明朝因連年戰事（如萬歷三大征之寧夏之役、朝鮮之役）財政吃緊，軍餉常被拖欠。原戚家軍余部作為精銳，雖仍保持較強戰斗力，卻因遠離故土、遭嫡系邊軍排擠，處境愈發艱難。萬歷二十年（1592年），日本入侵朝鮮（萬歷朝鮮戰爭），明廷派李如松率大軍援朝。戰后，部分原駐薊鎮（今河北一帶）的浙兵（含戚家軍舊部）被調往朝鮮留戍。
萬歷二十三年十月二十日，薊鎮三協（馬蘭峪、松棚路、太平路）南兵，三千三百多名南兵。因第一次東征朝鮮結束而提前撤回來預防倭寇。薊鎮三協的南兵（部分原戚家軍）因長期未發軍餉，向參將吳惟忠（原戚家軍將領）申訴，但未解決。薊鎮總兵官王保把他們召集到演武場，并且騙他們：今日發餉，不必著甲。隨后，士兵們高高興興前往教場等著發餉，結果總兵王保以“倡亂”為名，誘殺三千余人。南兵們等待而來的不是關于為何“長久拖欠南兵軍餉”的說法，而是無數自己人（北兵）的屠刀。這一事件被稱為“薊鎮兵變”或“王保殺降”。據《明神宗實錄》載，“斬首三百一十一級”（官方統計），但實際死亡人數可能更多（民間野史稱“坑殺三千人”）。
“南兵不顧生死，一向直前，吳惟忠（戚家軍老將，浙江義烏人，薊鎮南兵主將）之功最高”——《朝鮮宣祖實錄》。“吳副總惟忠，浙江金華府義烏縣人也。癸巳之役攻平壤，先登功最。”——《碧梧先生遺稿》。
《經略復國要編》：兵部侍郎、薊遼經略宋應昌，定下南兵東征軍餉，普通士兵達年薪43兩余，而大明通行的募兵年薪僅為18兩。后宋應昌援朝結束被撤回京，接著便解職隱居杭州西湖孤山，所欠軍餉自然無蹤。南兵主將吳惟忠的首功賞銀同樣沒有，最后只拿到20兩了事。
“建昌營調南兵三千留養……錢糧不加，含忿謀作亂。事覺，殺三千三百余口”——《朝鮮宣祖實錄》
注意措辭，謀作亂，就是還沒作亂，可能有較大的怨言，有一些不配合的行動，但是作亂的動作尚未彰顯。此時，銀子，那是一毛都沒有的，刀子，管夠。提前殺了，省得真作亂了，又省銀子又安全，屬于兩難自解了。
大明還有個缺大德的政策，行進過程中的部隊，要到達目的地后，才能給補給。明末那些官僚把程序正確玩的登峰造極，讓著苦哈哈的丘八，去保家衛國還不給錢不給糧食，餓著肚子上前線。
王保的行為被部分官員彈劾（《明神宗實錄》載御史馬文卿疏劾王保“殺降冒功”），但明神宗朱翊鈞因王保“平亂有功”，僅將其調職了事，未予嚴懲。薊鎮兵變后，浙兵精銳損失殆盡，北方邊防實力大減。同時，此事加劇了邊軍對朝廷的不信任，成為明末兵變（如天啟年間寧遠兵變）的先聲。
晚明軍事體系徹底崩潰！
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